病気やけがで仕事を休んでいる方にとって、医療費の負担は深刻な問題です。「傷病手当金と医療費控除は同時に使えるの?」「待期間中の医療費はどうなるの?」という疑問を持つ方は多く、制度を正しく理解できないまま、本来受け取れるはずの還付金を見逃してしまうケースが後を絶ちません。
このガイドでは、傷病手当金の待期間（最初の3日間）の医療費を医療費控除に計上する方法から、申請の順序・計算式・必要書類まで、節税効果を最大化するための手続きをわかりやすく解説します。
目次
- 傷病手当金と医療費控除の基本関係
- 待期間とは?医療費控除との関係を整理する
- 対象者・対象医療費の条件チェックリスト
- 節税効果の計算式と具体例
- 高額療養費と3制度の組み合わせ
- 申請の順序と手続き方法
- 必要書類一覧
- よくある落とし穴と注意点
- FAQ
1. 傷病手当金と医療費控除の基本関係
多くの方が「傷病手当金をもらっているのに医療費控除まで受けてよいの?」と疑問に思います。結論から言えば、原則として両方を受けることは合法かつ制度の想定内です。
| 制度 | 目的 | 根拠法 | 管轄 |
|---|---|---|---|
| 傷病手当金 | 働けない期間の収入補填 | 健康保険法第99条 | 健康保険組合・協会けんぽ |
| 医療費控除 | 実際に支払った医療費の税負担軽減 | 所得税法第73条 | 税務署（確定申告） |
この2つは目的がまったく異なる制度です。傷病手当金は「働けないことによる収入減」を補填するもの。医療費控除は「医療費として実際に支出した金額」から税金を減らすものです。同一の医療費に対して「収入補填」と「税額控除」を同時に受けることは、法律上の二重給付には該当しません。
重要ポイント: ただし、後述するように「高額療養費」や「生命保険の入院給付金」が支給された場合は、その分を医療費控除の対象から差し引く必要があります。傷病手当金そのものは差し引く必要がありません。
2. 待期間とは?医療費控除との関係を整理する
待期間の定義
傷病手当金には「待期間（たいきかん）」と呼ばれる支給されない期間が設けられています。
【休業スケジュールと給付タイミング】
休業1日目 ─ 休業2日目 ─ 休業3日目 ─ 休業4日目 ─ 休業5日目 ─ …
|←────── 待期間（3日間）────────→| 支給開始日以降
傷病手当金：✗ 支給なし 傷病手当金：✓ 支給あり
医療費控除：✓ 対象 医療費控除：✓ 対象（※注意あり）
待期間の3日間は、有給休暇・公休・欠勤のいずれかを問わずカウントされます。また、3日間は連続して休んでいることが条件です。
待期間中の医療費は「全額」医療費控除に計上できる
待期間中（最初の3日間）に支払った医療費は、傷病手当金が支給されていないため差し引く給付金がなく、自己負担額をそのまま医療費控除に計上できます。
支給開始後の医療費についても医療費控除の対象になりますが、高額療養費等の給付額は差し引く必要があります。一方、傷病手当金は医療費控除計算上の差し引き対象ではないため、支給開始後の医療費も適切に計上できます。
3. 対象者・対象医療費の条件チェックリスト
傷病手当金の受給資格チェック
以下のすべてに該当する場合に申請できます。
- [ ] 健康保険の被保険者である（会社員・パート・アルバイトなど）
- [ ] 業務外の傷病（私病・私傷）による療養である
- [ ] 療養のために仕事ができない状態であることを医師が証明できる
- [ ] 連続する3日間以上、仕事を休んでいる（待期完成）
- [ ] 休業期間中、給与の支払いがないまたは傷病手当金より少ない額しか支払われていない
❌ 対象外となる方: 自営業者・フリーランス（国民健康保険加入者）、公務員（共済組合の制度を確認）、被扶養者
医療費控除の対象になる医療費の種類
| 対象 | 具体例 |
|---|---|
| ✅ 対象 | 病院・診療所への支払い（保険診療の自己負担分）、処方薬代、入院費（食事療養費含む）、通院交通費（公共交通機関）、歯科治療費（保険適用分） |
| ❌ 対象外 | 健康診断費用（疾病発見につながらない場合）、美容整形、予防接種、差額ベッド代（任意選択）、自家用車の駐車場代 |
4. 節税効果の計算式と具体例
医療費控除の基本計算式
医療費控除額 ＝ （年間の対象医療費の合計）
ー（補填される給付金）
ー 10万円（※総所得が200万円未満の場合は総所得×5%）
還付税額 ＝ 医療費控除額 × 所得税率
具体例：待期間あり・入院ケース
【前提条件】
– 年収400万円（所得税率20%）の会社員
– 病気で30日間入院
– 待期間：休業1～3日目
– 傷病手当金：4日目から支給（約30日分）
– 年間医療費（自己負担合計）：30万円
– 高額療養費による還付：8万円
– 傷病手当金受給額：約45万円
【計算ステップ】
ステップ1：補填される給付金を確認する
高額療養費 ：8万円（→医療費控除から差し引く）
傷病手当金 ：45万円（→差し引き不要）
生命保険入院給付金：0円
ステップ2：医療費控除額を計算する
医療費控除額 ＝ 30万円 ー 8万円（高額療養費） ー 10万円
＝ 12万円
ステップ3：還付税額を計算する
還付税額 ＝ 12万円 × 20%（所得税率）＝ 2万4,000円
※住民税も翌年に軽減（税率10%）：12万円 × 10% ＝ 1万2,000円
合計節税効果 ＝ 約3万6,000円
ポイント: 傷病手当金の45万円は医療費控除の計算に影響しません。高額療養費の8万円だけを差し引くことで、医療費控除を正しく申告できます。
5. 高額療養費と3制度の組み合わせ
3つの制度を組み合わせると節約効果が大幅に高まります。
【3制度の役割分担】
①高額療養費制度
↓ 月ごとの自己負担を上限額（例：8万100円+α）に抑える
↓
②傷病手当金
↓ 給与収入の減少分を標準報酬日額の2/3で補填
↓
③医療費控除（確定申告）
↓ 残った自己負担医療費の一部を所得控除で節税
申請の優先順位と影響関係
| 手順 | 制度 | タイミング | 医療費控除への影響 |
|---|---|---|---|
| 1番目 | 高額療養費 | 受診月の翌月～3ヶ月後 | 還付額を医療費から差し引く |
| 2番目 | 傷病手当金 | 休業後、随時（2年以内） | 差し引き不要 |
| 3番目 | 医療費控除 | 翌年2月16日～3月15日 | ①の還付後の実負担額で計算 |
注意: 高額療養費の還付が確定してから医療費控除を申告すると計算が正確になります。年をまたぐ場合は、未還付でも「受け取る予定の金額」を差し引くのが原則です。
6. 申請の順序と手続き方法
STEP 1：傷病手当金の申請（休業開始後すぐに準備）
申請先: 勤務先の健康保険組合または協会けんぽ
申請の流れ:
①医師に「療養担当者の意見」欄への記入を依頼
↓
②勤務先の人事・総務担当者に申請書を提出し
「事業主の証明」欄に記入してもらう
↓
③完成した申請書を健康保険組合・協会けんぽへ提出
↓
④支給決定通知書と振込（申請から約2～3週間）
- 申請期限: 支給を受ける権利が生じた日の翌日から2年以内
- 申請単位: 月ごと・退院ごとなど、随時申請が可能
STEP 2：高額療養費の申請（受診月ごと）
申請先: 健康保険組合・協会けんぽ（または事前申請で「限度額適用認定証」を取得）
- 限度額適用認定証を事前に取得すると、窓口での支払いが自己負担限度額までに抑えられ、後から申請する手間が省けます。
- 申請期限: 診療月の翌月1日から2年以内
STEP 3：医療費控除の申請（確定申告）
申請先: 所轄の税務署
申請の流れ:
①1月1日～12月31日の医療費の領収書を集める
↓
②「医療費控除の明細書」を作成する
（領収書の添付は不要になったが、5年間保存が必要）
↓
③高額療養費の還付額を差し引いた実負担額で計算する
↓
④確定申告書（第一表・第二表）と明細書を提出する
（e-Taxオンラインまたは税務署へ持参・郵送）
↓
⑤還付金が指定口座に振り込まれる（1～2ヶ月後）
- 申請期限: 翌年の2月16日～3月15日（還付申告は1月1日から可能）
- 申請可能期間: 過去5年分まで遡って申告可能
7. 必要書類一覧
傷病手当金申請に必要な書類
| 書類名 | 入手先 | 記入者 |
|---|---|---|
| 傷病手当金支給申請書 | 健康保険組合・協会けんぽ（HPからダウンロード可） | 本人・医師・事業主 |
| 医師の意見書（申請書内） | ー | 担当医師 |
| 事業主証明欄 | ー | 勤務先人事・総務 |
| 振込先口座情報（初回のみ） | ー | 本人 |
医療費控除申請に必要な書類
| 書類名 | 入手先 | 備考 |
|---|---|---|
| 確定申告書（第一表・第二表） | 税務署・国税庁HP | e-Taxで作成可 |
| 医療費控除の明細書 | 国税庁HPからダウンロード | 領収書を基に自作 |
| 医療費の領収書（原本） | 各医療機関 | 提出不要・5年保存 |
| 源泉徴収票 | 勤務先 | 年末調整後に入手 |
| マイナンバー確認書類 | ー | マイナカードまたは通知カード＋本人確認書類 |
| 高額療養費支給決定通知書 | 健保・協会けんぽ | 還付額の確認用 |
便利な活用法: 健康保険組合や協会けんぽの「医療費のお知らせ」をe-Tax申告の際に取り込むと、明細書の入力手間が省けます。ただし、12月診療分が反映されないケースがあるため、領収書との突き合わせ確認が必要です。
8. よくある落とし穴と注意点
❌ 落とし穴1：傷病手当金を医療費控除から差し引いてしまう
傷病手当金は「所得補填」であり、「医療費の補填」ではありません。傷病手当金の受給額を医療費控除の対象医療費から差し引く必要はありません。差し引くのは高額療養費・生命保険の入院給付金・健保組合の付加給付（特定療養費）などです。
❌ 落とし穴2：待期間の医療費を計上し忘れる
入院初日～3日目（待期間）に支払った医療費は、傷病手当金が支給されないだけに「捨て金」と思われがちです。しかし、この3日間の医療費もしっかり医療費控除に計上できます。特に入院初日に高額な検査や処置を受けた場合は金額が大きくなるため、領収書を必ず保管しましょう。
❌ 落とし穴3：申請順序を間違えて控除額が変わってしまう
高額療養費の還付額が確定する前に医療費控除を申告すると、後から修正申告が必要になる場合があります。高額療養費の支給決定後に医療費控除を申告するのが理想的です。年度をまたぐ場合は、受取予定額を見込み計上してください。
❌ 落とし穴4：生命保険の入院給付金を忘れる
民間の生命保険から入院給付金を受け取った場合は、その給付金が補填する対象となった医療費から差し引く必要があります。その医療費の実負担額を上回る部分は他の医療費から差し引きません。
❌ 落とし穴5：領収書を捨ててしまう
医療費控除の明細書を自作する際、領収書は提出不要ですが5年間の保存義務があります。税務署から提示を求められた場合に対応できるよう、年ごとに封筒に入れて保管しましょう。
9. FAQ
Q1. 傷病手当金を受け取っていても、医療費控除の確定申告はできますか?
A. はい、できます。傷病手当金は収入（給与）の補填であり、医療費そのものを補填するものではありません。医療費控除の計算で傷病手当金を差し引く必要はなく、両方を適正に受け取ることができます。
Q2. 待期間は有給休暇を使いましたが、待期間として認められますか?
A. はい、認められます。待期間の3日間は、有給休暇・欠勤・公休を問わず仕事を休んだ日がカウントされます。ただし、3日間は連続していることが必要です。
Q3. 確定申告の時期に高額療養費がまだ戻っていない場合はどうすればいいですか?
A. 還付が見込まれる金額（支給決定通知書または概算）を差し引いた上で申告してください。後から実際の還付額が異なった場合は、修正申告または更正の請求で対応できます。確定申告期限（3月15日）まで待てる場合は、還付確定後に申告する方が正確です。
Q4. 国民健康保険に加入している自営業者は傷病手当金を受け取れますか?
A. 原則として国民健康保険加入者（自営業者・フリーランスなど）には傷病手当金制度がありません。ただし、一部の市区町村が条件付きで独自給付を実施している場合があります。お住まいの市区町村へお問い合わせください。
Q5. 過去の年分の医療費控除を申告していなかった場合、今から申告できますか?
A. はい、医療費控除の還付申告は過去5年分まで遡って申告できます。例えば、2025年に申告できる最も古い年分は2020年分です。期限後申告でも還付金は受け取れますので、申告漏れがあった方はぜひ確認してください。
Q6. 傷病手当金と医療費控除を「同時申請」とはどういう意味ですか?
A. 厳密に同じ日に申請するという意味ではなく、「同じ年度の医療費に対して両制度を両方活用する」という意味です。傷病手当金は休業ごとに随時申請し、医療費控除は翌年の確定申告時にまとめて申請する、という流れが一般的です。
まとめ
| ポイント | 内容 |
|---|---|
| 待期間の医療費 | 傷病手当金の対象外だが医療費控除には全額計上可 |
| 傷病手当金の扱い | 医療費控除の計算で差し引く必要なし |
| 高額療養費の扱い | 医療費控除の対象医療費から差し引く必要あり |
| 申請順序 | ①高額療養費 → ②傷病手当金 → ③医療費控除（確定申告） |
| 節税効果 | 所得税率20%の方なら医療費控除額の20%+住民税10%が還付 |
| 申告期限 | 医療費控除は翌年3月15日まで（還付申告は5年遡及可） |
傷病手当金と医療費控除は、お互いを邪魔しない別々の制度です。制度の仕組みを正しく理解し、高額療養費との調整も適切に行うことで、病気・けがの経済的負担を最大限に軽減できます。領収書の保管と申請順序さえ守れば、手続きは決して難しくありません。ぜひこのガイドを参考に、受け取れる給付・節税を漏れなく活用してください。
免責事項: 本記事は2025年時点の制度に基づいた一般的な解説です。個別の申請内容・計算については、健康保険組合・協会けんぽ・税務署または税理士等の専門家にご相談ください。制度内容は変更される場合があります。
よくある質問（FAQ）
Q. 傷病手当金と医療費控除は同時に受け取れますか？
A. はい、受け取れます。傷病手当金は収入補填、医療費控除は医療費の税控除が目的で異なる制度のため、法律上の二重給付には該当しません。
Q. 待期間中の医療費は医療費控除の対象になりますか？
A. はい。待期間（最初の3日間）は傷病手当金が支給されないため、この期間の医療費は全額医療費控除に計上できます。
Q. 傷病手当金をもらった場合、医療費控除から差し引く必要はありますか？
A. いいえ、傷病手当金そのものは医療費控除の対象から差し引く必要がありません。ただし高額療養費は差し引く必要があります。
Q. 傷病手当金の対象になるのはどのような場合ですか？
A. 健康保険加入者が業務外の傷病で、連続3日以上仕事を休み、医師が療養が必要と証明し、給与が支払われていない場合です。自営業者は対象外。
Q. 申請する際、傷病手当金と医療費控除はどちらを先に申請すべきですか？
A. 傷病手当金は健康保険組合へ、医療費控除は税務署への確定申告で手続きします。同時申請可能で、どちらが先でも構いません。
