不妊治療は経済的負担が大きく、多くの患者が治療費の捻出に苦労しています。2022年の改正により、これまで対象外だった保険診療の不妊治療も医療費控除の対象となり、自己負担額を大幅に軽減できるようになりました。本記事では、控除の仕組み、対象医療費の判定方法、実際の計算例、申請手続きを実務的に解説します。
不妊治療の医療費控除とは【制度の基本】
医療費控除の仕組み
医療費控除は、所得税法第120条に基づく税制制度です。1年間に支払った医療費が一定額を超える場合、その超過分を所得から差し引き、所得税の還付を受けることができます。
医療費控除の基本式：
医療費控除額 = 支払った医療費の合計 - 10万円（または所得の5%）
※ 所得が200万円以下の場合は「所得の5%」が基準額
還付額の計算式：
還付額 = 医療費控除額 × 所得税率
例）医療費控除額50万円、所得税率20%の場合
還付額 = 50万円 × 20% = 10万円
医療費控除により、支払った医療費の10～45%が還付されます。所得が高いほど所得税率が高くなるため、還付額も増加する仕組みです。
2022年改正の大きな変更点
2022年1月1日より、不妊治療は以下のように大きく変わりました。
| 項目 | 改正前（2021年まで） | 改正後（2022年以降） |
|---|---|---|
| 対象医療費 | 自由診療のみ | 保険診療＋自由診療 |
| 控除上限額 | なし（全額対象） | 年間200万円 |
| 対象期間 | 継続中 | 2026年12月31日まで |
| 遡及適用 | 新規のみ対応 | 2022年以降で遡及可 |
最大のポイント： これまで高額な自由診療で治療してきた患者だけが恩恵を受けていましたが、改正後は保険診療で体外受精を受けた全患者が医療費控除を申請できるようになったのです。
拡充期間はいつまで？
不妊治療の医療費控除は時限措置です。
【拡充期間】
2022年1月1日 ～ 2026年12月31日
※ 2026年を超える治療については制度変更の可能性あり
※ 期限内に治療を受けた分は期限後の申告も可能（5年以内）
この間に不妊治療を受けた方は、必ず申告期限内に医療費控除を申請することをお勧めします。
不妊治療が対象？対象外？完全判定表
対象医療費の判定フローチャート
不妊治療にかかった医療費
↓
【治療法】体外受精・顕微授精・凍結胚移植・人工授精か？
YES → 次へ進む
NO → 対象外（例：性病治療、妊娠中毒症治療）
↓
【費用負担】保険診療or自由診療か？
保険診療 → 2022年4月1日以降か？
YES → ✅対象
NO → ✗対象外
↓
自由診療 → ✅対象（2022年1月以降）
↓
【医療機関】医師が行った治療か？（自己判断の市販薬はNG）
YES → ✅対象に含める
NO → ✗除外
対象医療費の詳細一覧表
✅ 医療費控除の対象となる医療費
| 治療内容・検査 | 対象範囲 | 説明 |
|---|---|---|
| 体外受精（IVF） | ◎完全対象 | 保険診療：2022年4月以降 / 自由診療：2022年1月以降 |
| 顕微授精（ICSI） | ◎完全対象 | 受精困難な場合に行う加算。保険診療対象 |
| 凍結胚移植 | ◎完全対象 | 採卵時の追加検査・培養費も対象 |
| 人工授精（AIH） | ◎完全対象 | 健康保険対象外だが医療費控除の対象 |
| 不妊検査 | ◎完全対象 | 精液検査、ホルモン検査、子宮卵管造影、子宮鏡検査など |
| 受診時の初診料・再診料 | ◎完全対象 | 診療にかかる基本費用 |
| 採卵・移植前後の診察 | ◎完全対象 | 採卵日、移植日の診察料 |
| 予防接種（感染症対策） | ○部分対象 | 採卵前の風疹・麻疹等の予防接種（医師指示の場合） |
| 病院への交通費 | ○部分対象 | 公共交通機関のみ（自家用車・タクシーは不可） |
△ 判断が必要な医療費
| 項目 | 判定 | 詳細 |
|---|---|---|
| 高度生殖医療（ART）の特殊検査 | ○対象 | ERA（着床前子宮内膜検査）、EMMA/ALICE（子宮内フローラ検査） |
| PGT-A（着床前遺伝子検査） | ○対象 | 医師の指示に基づく遺伝的異常の検査 |
| レーザー孵化補助 | ○対象 | 胚盤胞の孵化を補助する自由診療技術 |
| 胚盤胞培養 | ○対象 | 通常培養より高度な培養技術 |
| 漢方薬（医師処方） | ○対象 | 医師が不妊治療の一環として処方した場合のみ |
| 不妊専門サプリメント | ✗対象外 | 医師処方でない栄養補助食品は除外 |
✗ 医療費控除の対象外
| 項目 | 理由 |
|---|---|
| タイミング法（検査なし） | 医学的処置を伴わない指導のみ |
| 妊娠中毒症・つわりの治療 | 不妊治療ではなく妊娠管理 |
| 出産費用・入院費 | 別途の医療費控除制度対象 |
| 性病検査・治療（不妊治療無関連） | 不妊治療と無関係の医療費 |
| 市販の栄養補助食品・ビタミン剤 | 医学的処置に該当しない |
| 不妊治療食・特殊食 | 食事療法は医療費控除対象外 |
| 保育費・時間外入院費 | 附随費用に該当 |
保険診療と自由診療の混在治療での計算方法
保険診療と自由診療を同時に受けた場合
不妊治療では、保険診療と自由診療が混在することが一般的です。例えば、体外受精の基本操作は保険診療ですが、使用する培養液や孵化補助技術は自由診療という場合があります。
重要なルール：
保険診療 + 自由診療 = 両方とも医療費控除の対象
（一つの治療サイクルで混在していても控除額から除外されない）
実例計算：体外受精1サイクルの場合
クリニックからの請求内訳：
【保険診療分】
初診料＋再診料 ¥3,000
超音波検査（複数回） ¥8,000
ホルモン検査 ¥5,000
採卵手術＋麻酔 ¥50,000
胚移植手術 ¥20,000
─────────────────
保険診療小計 ¥86,000
【自由診療分】
高度培養液使用料 ¥80,000
PGT-A検査 ¥150,000
凍結保存料 ¥30,000
─────────────────
自由診療小計 ¥260,000
【合計医療費】¥346,000
医療費控除の計算（所得税率20%の場合）：
支払った医療費合計 ¥346,000
− 基準額（10万円） ¥100,000
─────────────────
医療費控除額 ¥246,000
× 所得税率（20%）
─────────────────
還付額 ¥49,200
複数年にわたる治療での計算
2年間にわたって治療を受けた場合、年ごとに医療費控除を申告します。
【2024年度】
1月～12月の医療費合計 ¥450,000
− 基準額 ¥100,000
= 控除額 ¥350,000 × 20% = 還付¥70,000
【2025年度】
1月～12月の医療費合計 ¥320,000
− 基準額 ¥100,000
= 控除額 ¥220,000 × 20% = 還付¥44,000
【2年間の合計還付】¥114,000
助成金を受け取った場合の控除計算
助成金と医療費控除は併用できる
都道府県や市区町村の不妊治療助成事業から助成金を受け取った場合、医療費控除との計算方法は以下の通りです。
重要ルール：
助成金の有無 = 医療費控除の可否に影響しない
但し、控除額の計算式に反映させる
助成金がある場合の控除額計算式
医療費控除額 = (支払った医療費 − 助成金) − 10万円
※ 助成金を差し引いた自己負担額から控除開始
具体的な計算例
ケース①：東京都の助成金を受けた場合
【医療状況】
不妊治療費合計 ¥500,000
東京都助成金 ¥300,000 ← 受取済み
自己負担額 ¥200,000
【医療費控除の計算】
自己負担額 ¥200,000
− 基準額 ¥100,000
= 控除額 ¥100,000
× 所得税率（20%）
─────────────────
還付額 ¥20,000
ケース②：保険診療の自己負担分が少ない場合
【医療状況】
保険診療（3割負担） ¥150,000
自由診療（PGT-A等） ¥200,000
市区町村助成金 ¥180,000
実際の自己負担額 ¥170,000
【医療費控除の計算】
自己負担額 ¥170,000
− 基準額 ¥100,000
= 控除額 ¥70,000
× 所得税率（20%）
─────────────────
還付額 ¥14,000
助成金の種類別の取扱い
| 助成金の種類 | 控除額計算での扱い | 注記 |
|---|---|---|
| 国庫補助金 | 控除額から差引 | 統一ルール |
| 都道府県助成金 | 控除額から差引 | 東京都・神奈川県など |
| 市区町村助成金 | 控除額から差引 | 自治体独自の制度 |
| 生命保険の給付金 | 控除額から差引 | 保険金受取の場合 |
| 会社の福利厚生費負担 | 控除額から差引 | 雇用主の補助 |
医療費控除の計算シミュレーション
収入別・控除額別の還付額一覧
所得税率は所得額によって異なります。以下は一般的なシミュレーションです。
年収600万円（所得税率20%）の場合
| 自己負担医療費 | 控除額 | 還付額 |
|---|---|---|
| ¥200,000 | ¥100,000 | ¥20,000 |
| ¥350,000 | ¥250,000 | ¥50,000 |
| ¥500,000 | ¥400,000 | ¥80,000 |
| ¥800,000 | ¥700,000 | ¥140,000 |
年収900万円（所得税率33%）の場合
| 自己負担医療費 | 控除額 | 還付額 |
|---|---|---|
| ¥200,000 | ¥100,000 | ¥33,000 |
| ¥350,000 | ¥250,000 | ¥82,500 |
| ¥500,000 | ¥400,000 | ¥132,000 |
| ¥800,000 | ¥700,000 | ¥231,000 |
年収1,200万円（所得税率45%）の場合
| 自己負担医療費 | 控除額 | 還付額 |
|---|---|---|
| ¥200,000 | ¥100,000 | ¥45,000 |
| ¥350,000 | ¥250,000 | ¥112,500 |
| ¥500,000 | ¥400,000 | ¥180,000 |
| ¥800,000 | ¥700,000 | ¥315,000 |
注記： 所得税率は復興特別所得税を含めた実効税率です。実際の還付額は個別の税務状況により異なります。
医療費控除の申請に必要な書類
必須書類一覧
医療費控除を申請するには、以下の書類が必要です。
1. 確定申告書第一表・第二表
入手方法：
• 税務署で直接受取
• 国税庁ホームページからダウンロード
• e-Taxで作成・提出
記入項目：
• 生年月日、住所、マイナンバー
• 給与所得、医療費控除額
• 還付額
2. 医療費控除の明細書
医療費控除を申請する際の必須書類です。2017年より記入が義務化されています。
【様式】
• A4サイズ / 2ページ構成
• 第一面：集計表（医療費の合計額など）
• 第二面：明細（病院・クリニック別の支払い額）
【記入内容】
• 医療機関の名称・住所
• 医療費の種類（診療報酬請求書の区分による）
• 支払った金額
• 保険金などで補填された金額
注意： 領収書の原本提出は不要ですが、5年間の保存が義務付けられています。
3. 医療機関からの領収書
【重要項目】
医療機関の領収書には以下が記載されていることを確認：
✓ 医療機関の名称・住所・電話番号
✓ 患者名
✓ 診療日
✓ 支払った金額
✓ 保険診療・自由診療の別（できれば）
✓ 医師署名または押印
【取得困難な場合】
• クリニックに紙での領収書再発行を依頼
• 診療明細書を添付（システム出力でOK）
• 振込記録＋クリニック確認書で対応可（税務署に相談）
4. 給与所得の源泉徴収票（給与所得者の場合）
【必須理由】
医療費控除の計算に「所得」が必要
（基準額10万円を超えているか判定）
【取得方法】
• 勤務先から12月に直接受取
• 再発行依頼も可能
5. 保険金や助成金の給付通知書（受け取った場合）
【必須理由】
医療費から助成金等を差し引く必要があるため
【該当書類】
• 都道府県・市区町村の助成金通知書
• 生命保険の給付金通知書
• 高額療養費の支給通知書
• 病院からの返金領収書
6. マイナンバーカードまたは通知カード（コピー）
【必須理由】
確定申告書に記載する義務
【提出形式】
e-Tax提出：提示不要（電子署名で対応）
郵送提出：コピー添付
窓口提出：原本確認で対応
書類チェックリスト
確定申告前に以下を確認してください。
□ 確定申告書第一表・第二表（税務署取得 or ダウンロード）
□ 医療費控除の明細書（記入完了）
□ 医療機関の領収書（全て）
□ 給与所得の源泉徴収票（給与所得者のみ）
□ 助成金の給付通知書（受け取った場合）
□ マイナンバーカードまたは通知カード（コピー）
□ 口座番号が分かる通帳（初回のみ）
□ 印鑑（郵送・窓口提出時）
◎ 書類の整理：年月日順に並べると申告時スムーズ
◎ コピー作成：原本は自分で保管
医療費控除の申請手続き【ステップバイステップ】
申請方法は3種類
医療費控除は、以下の3つの方法で申請できます。
| 申請方法 | メリット | デメリット | 所要時間 |
|---|---|---|---|
| e-Tax（電子申告） | 還付が早い（2〜3週間）、自宅で完結 | システム登録が必要 | 30分〜1時間 |
| 郵送 | 税務署に出向かない、記録が残る | 還付が遅い（4〜6週間）、往復時間 | 書類作成1時間 |
| 税務署窓口 | 不明点をその場で相談できる | 待ち時間、署名が必要 | 1〜2時間 |
ステップ①：医療費控除の明細書を作成
医療費控除の明細書は、医療機関ごとに支払額を記入します。
【記入手順】
1) クリニック名・住所を記入
2) 診療科別に金額を分類
3) 保険診療／自由診療の別を記入（可能な場合）
4) 合計金額を計算
5) 助成金受取額を差し引き
記入例：
医療機関名：○○生殖医療クリニック
住所：東京都渋谷区××××
電話：03-××××-××××
【診療報酬請求書に記載される区分】
診療－治療 ¥50,000
検査－検体検査 ¥8,000
手術－その他の手術 ¥70,000
薬剤－薬剤料 ¥5,000
─────────────────
小計（当院分） ¥133,000
ステップ②：確定申告書を作成
e-Taxでの作成方法
【準備】
1) 国税庁ホームページへアクセス
2) 「確定申告書等作成コーナー」を選択
3) マイナンバーカード OR ID・パスワード の選択
【基本情報の入力】
1) 個人情報（氏名、住所、マイナンバー）
2) 給与所得の内容（年収、源泉徴収額）
3) 医療費控除の内容を入力
- 支払った医療費の合計
- 助成金などの給付額
- 医療費控除額を自動計算
【確認・提出】
1) 内容確認（計算ミスないか）
2) 電子署名を施す
3) 送信
紙での作成方法
【入手】
1) 税務署で直接受取、またはダウンロード
2) A4サイズで両面印刷
【記入】
1) 第一表：合計所得金額、医療費控除額
2) 第二表：医療費控除の詳細
3) 摘要欄：不妊治療の旨を記入（例：「○○クリニックでの不妊治療費」）
【添付書類】
1) 医療費控除の明細書をホチキス留め
2) 領収書類をスティックのり貼付（日付順）
ステップ③：申告期限内に提出
申告期限
【提出期限】
毎年 3月15日（締め切り）
【対象年】
前年1月1日〜12月31日の医療費
【例】
2024年の医療費 → 2025年3月15日までに申告
2025年の医療費 → 2026年3月15日までに申告
提出先
【e-Tax提出】
• 24時間受け付け
• 土日祝日も申告可
• 還付が最も早い
【郵送提出】
• 当地の税務署宛
• 消印日が提出日（期限日消印有効）
• 返信用封筒を同封すると還付通知が届く
【窓口提出】
• 管轄の税務署へ
• 税理士に代理申告依頼も可
• 3月は混雑するため早期提出推奨
ステップ④：還付金の受け取り
【受け取り方法】
1) 銀行口座への振込（最も一般的）
⇒ 申告から2〜6週間で振込
2) 郵便局での受取
⇒ 還付通知書が届いてから領取
【e-Tax利用時の還付期間】
• 最短：申告から2週間
• 目安：2〜3週間
【紙申告時の還付期間】
• 目安：4〜6週間
• 混雑時期：3月は遅延の可能性
2022年改正による遡及適用【過去の治療費も対象】
遡及適用とは
2022年4月の保険診療化により、2022年1月1日以降に受けた体外受精等の医療費は、遡って医療費控除が適用できるようになりました。
【遡及適用の概要】
2022年1月1日〜3月31日の治療
← 本来は保険診療でなかったが
← 実績医療のため医療費控除の対象に
2022年4月1日以降の治療
← 保険診療として医療費控除対象化
対象となる過去の治療
| 治療時期 | 状況 | 遡及適用の可否 |
|---|---|---|
| 2022年1月1日～3月31日 | 自由診療で受けた体外受精 | ✅ 対象 |
| 2022年1月1日～3月31日 | 自由診療で受けた顕微授精 | ✅ 対象 |
| 2022年4月1日以降 | 保険診療で受けた体外受精 | ✅ 対象（通常適用） |
| 2021年12月31日以前 | 自由診療で受けた治療 | ✅ 対象（既存ルール） |
過去の治療費を申告する手順
過去5年間分の遡及申告が可能
不妊治療の医療費控除は、申告期限から5年間遡って申告できます。
【申告可能期限】
2024年3月に治療費の申告
← 2019年1月以降の医療費を対象化可
例）2022年に治療、2024年に気づいた
→ 2024年3月までに申告すれば控除対象
過去年度の申告書提出方法
【修正申告（更正の請求）】
既に申告済みで医療費控除を漏らした場合
手続き：
1) 「更正の請求書」を税務署に提出
2) 医療費控除の明細書を添付
3) 領収書コピーを同封
4) 署名押印
期限：
元申告から5年以内
【新規申告】
全く申告していなかった場合
手続き：
1) 確定申告書を提出（期限後申告）
2) 医療費控除の明細書を添付
3) 領収書コピーを同封
期限：
医療費支払いから5年以内
具体例：2022年の治療を2024年に申告
【状況】
2022年3月：体外受精 ¥350,000（自由診療）
当時：医療費控除の存在を知らず申告なし
2024年3月：医療費控除を知り申告を決意
【手続き】
1) 2022年度分の「更正の請求書」を準備
2) 医療費控除の明細書に2022年度の医療費を記入
3) クリニックから領収書再発行を依頼
4) 2024年3月15日までに税務署に提出
【計算】
支払医療費 ¥350,000
− 基準額 ¥100,000
= 控除額 ¥250,000
× 所得税率（20%）
───────────────
還付額 ¥50,000
【還付】
申告から3〜4週間で指定口座に振込
注意点・よくあるミス
控除漏れが多い対象医療費
多くの患者が見落としている医療費があります。
“`
❌ 漏れやすい医療費
──────────────────────
✓ 初診前の相談料
✓ 採
よくある質問（FAQ）
Q. 不妊治療の医療費控除はいつまで受けられますか？
A. 2026年12月31日までが拡充期間です。この間に治療を受けた分は期限後5年以内の申告も可能です。
Q. 保険診療の不妊治療も医療費控除の対象になりますか？
A. はい、2022年4月1日以降の保険診療による不妊治療は対象です。2022年の改正により、自由診療だけでなく保険診療も対象になりました。
Q. 医療費控除でいくら戻ってきますか？
A. 還付額は所得税率により異なります。一般的には支払った医療費の10～45%が還付されます。
Q. 妊娠中の治療費も医療費控除の対象になりますか？
A. いいえ、対象外です。妊娠中毒症などの妊娠関連治療は医療費控除の対象になりません。
Q. 病院への交通費も医療費控除に含められますか？
A. 公共交通機関のみ対象です。自家用車やタクシーは対象外となります。
