医療費控除を5年遡及申告する完全手順【2025年最新版】

過去の医療費が高額だったのに申告し忘れていた、という経験はありませんか？実は医療費控除は過去5年分まで遡って申告できます。手続きを知らないだけで、数万円〜数十万円の還付金を受け取れる可能性があります。

この記事では、還付申告・更正の請求の違いから具体的な手順・必要書類・申告期限まで、給与所得者・自営業者の両方に対応した2025年最新の完全マニュアルを解説します。申告漏れで損をしないよう、今すぐ確認しましょう。

医療費控除を5年前まで遡及申告できる理由と根拠

医療費控除の遡及申告は、「知らなかった」では損をする制度です。まずはなぜ5年前まで申告できるのか、その法的根拠をしっかり理解しておきましょう。

通常の確定申告と「還付申告」はどう違うのか

確定申告には大きく分けて2つの種類があります。

項目	通常の確定申告	還付申告
対象者	自営業者・副業収入がある人など	給与所得者で源泉徴収過多の人など
申告期限	翌年3月15日まで	申告できる年から5年以内
提出時期	毎年1月1日〜3月15日	1月1日から随時受付（5年間いつでも可）
法的根拠	所得税法第120条	所得税法第122条

💡 ポイント： 医療費控除は「払いすぎた税金を返してもらう」ための還付申告に該当します。このため、3月15日という期限に縛られず、5年間であれば好きなタイミングで申告可能です。

「更正の請求」と「還付申告」の使い分け

遡及申告には、状況によって手続き方法が異なります。

■ 還付申告（確定申告をしていなかった場合）

過去に一度も確定申告をしていない年度の医療費控除を申告する場合に使う手続きです。

対象： 給与所得者で年末調整を受けていたが医療費控除を申告しなかった場合
期限： 申告対象年の翌年1月1日から5年以内
根拠： 所得税法第122条

■ 更正の請求（一度確定申告をした後に訂正する場合）

過去に確定申告をしたが、医療費控除の申告額を誤ったまたは記入漏れがあった場合に使う手続きです。

対象： 自営業者や副業申告者で、すでに申告済みの内容を修正したい場合
期限： 法定申告期限（3月15日）から5年以内
根拠： 国税通則法第23条

⚠️ 注意： 給与所得者の多くは「還付申告」に該当します。「更正の請求」は誤って申告した金額を直す手続きのため、自分がどちらに当てはまるかを事前に確認しましょう。

遡及申告できる年度の早見表（2025年時点）

2025年（令和7年）現在、申告できる過去年度は以下のとおりです。

申告対象年	期限（還付申告）	期限（更正の請求）
2024年（令和6年）	2029年12月31日	2030年3月15日
2023年（令和5年）	2028年12月31日	2029年3月15日
2022年（令和4年）	2027年12月31日	2028年3月15日
2021年（令和3年）	2026年12月31日	2027年3月15日
2020年（令和2年）	2025年12月31日	2026年3月15日

⚠️ 【重要】2020年（令和2年）分は2025年12月31日が還付申告の期限です。 申告漏れに心当たりがある方は今すぐ手続きを進めましょう。この期限を過ぎると申告できなくなり、還付の機会を永遠に失います。

遡及申告の対象者・対象医療費の条件

申告対象者の条件

以下のいずれかに当てはまる方は、遡及申告で還付を受けられる可能性があります。

■ 給与所得者（会社員・パート・アルバイト）

年間の医療費支出が10万円を超えた年度がある方
ただし、総所得金額が200万円未満の方は「総所得金額×5%」が基準額になります
年末調整で医療費控除を申告しなかった方
※年末調整では医療費控除は申告できないため、別途確定申告が必要です

■ 自営業者・個人事業主

過去の確定申告で医療費控除の記入漏れがあった方
申告額を誤って過少申告していた方（更正の請求）

■ 退職・転職した方

退職した年に医療費が多く発生していたが申告していなかった方
産休・育休中に医療費が発生していた方

医療費控除の対象となる費用・ならない費用

✅ 対象となる医療費

カテゴリ	具体例
診察・治療費	診察料、治療費、手術費
入院関連費用	入院費、食事代（標準負担額）、差額ベッド代（医師の指示あり）
処方薬・医薬品	処方箋による薬代、治療目的の市販薬
通院交通費	バス・電車・モノレールなど公共交通機関の実費
出産・妊娠費用	妊婦健診費、分娩費、入院費（出産育児一時金を差し引いた額）
歯科治療	むし歯治療、義歯（審美目的を除く）
介護・リハビリ	医師の処方に基づくリハビリ、介護保険の自己負担分の一部
難病・がん治療	人工透析費、抗がん剤、放射線治療

❌ 対象外となる費用

項目	理由
健康診断・人間ドック	異常が発見されなかった場合は対象外（発見後に治療した場合は対象）
ビタミン剤・サプリメント	医薬品ではなく栄養補給目的のため
美容目的の歯列矯正・脱毛	治療目的でないため
タクシー代（原則）	歩行困難など医師の指示があれば例外的に対象
自家用車のガソリン代・駐車場代	交通費として認められない
病院の売店で購入した日用品	治療目的でないため

💡 迷ったときの判断基準： 「治療のために必要な費用かどうか」が医療費控除の基本的な判断軸です。美容や予防目的は原則として対象外、治療目的であれば対象になる傾向があります。

還付金の計算方法と期待できる金額の目安

医療費控除額の計算式

医療費控除の計算式は以下のとおりです。

【医療費控除額】＝ 実際に支払った医療費の合計額
                 − 保険金・給付金等で補填された金額
                 − 10万円（または総所得金額等の5%のいずれか低い方）

最大控除額は200万円（支払医療費から補填金を引いた残額が上限）

所得税の還付金の計算式

医療費控除額が決まったら、実際の還付金額は適用される所得税率によって変わります。

【還付金額】＝ 医療費控除額 × 所得税率（5%〜45%）

■ 所得税率と還付額の早見表（独身・給与所得者の場合）

年収目安	所得税率	医療費控除50万円の場合の還付額
〜330万円	5%	約25,000円
330〜695万円	10%	約50,000円
695〜900万円	20%	約100,000円
900〜1,800万円	23%	約115,000円
1,800〜4,000万円	33%	約165,000円

⚠️ 住民税の還付もあります！ 所得税の還付に加えて、翌年の住民税（一律10%）も軽減されます。医療費控除50万円であれば、住民税も約50,000円の軽減効果が生じます。合計すると、年収によっては100万円前後の節税効果が期待できるケースもあります。

具体的な計算シミュレーション

【例】年収500万円の会社員が2022年に医療費60万円を支払った場合

STEP1：医療費控除額の計算
  支払医療費：600,000円
  − 保険金・給付金：100,000円
  − 10万円（控除閾値）：100,000円
  ＝ 医療費控除額：400,000円

STEP2：所得税還付金の計算
  医療費控除額400,000円 × 所得税率10%
  ＝ 所得税還付金：40,000円

STEP3：住民税軽減額の計算
  医療費控除額400,000円 × 住民税率10%
  ＝ 住民税軽減額：40,000円

【合計節税効果：80,000円】

必要書類の準備リストと入手方法

遡及申告に必要な書類一覧

遡及申告では、年度ごとに書類を揃える必要があります。以下をチェックリストとして活用してください。

■ 全年度共通の必須書類

書類名	入手先	備考
確定申告書B（各年度用）	税務署・国税庁ウェブサイト	年度ごとに様式が異なる場合あり
医療費控除の明細書	国税庁ウェブサイト	2017年以降、領収書原本は添付不要
源泉徴収票	勤務先・ハローワーク	各申告年度のもの（再発行も可）
医療費の領収書	医療機関	5年間自己保管が必要（提出不要だが保管義務あり）
マイナンバー確認書類	市区町村窓口	マイナンバーカードまたは通知カード＋本人確認書類
還付口座情報（通帳など）	手持ちの通帳	還付先の金融機関・口座番号

■ 追加で必要になる可能性がある書類

書類名	必要なケース
医療費通知書（医療費のお知らせ）	健康保険組合から届いたものがある場合（明細書の代わりに使用可）
保険金・給付金の支払通知書	生命保険や医療保険から給付金を受け取った場合
障害者手帳の写し	障害者控除も同時に申告する場合
出産一時金の受取通知	出産費用を申告する場合
介護保険サービスの領収書	介護費用を申告する場合

源泉徴収票を紛失した場合の対処法

過去の源泉徴収票を紛失している場合、以下の方法で再取得できます。

現在の勤務先（または過去の勤務先）に再発行を依頼する
法律上、会社は7年間の保管義務があります
退職済みでも請求可能です
日本年金機構の「ねんきんネット」で確認する
年金加入履歴から給与情報の概算を確認できます（目安程度）
税務署に「給与所得の源泉徴収票等の法定調書」を照会する
提出元事業者の情報が確認できます

医療費領収書が見当たらない場合の対処法

領収書を紛失した場合でも、以下の代替手段があります。

代替手段	内容
医療機関での再発行依頼	多くの医療機関で再発行が可能（手数料がかかる場合あり）
医療費通知書（医療費のお知らせ）の活用	健康保険組合・協会けんぽから年1〜2回発行される書類。明細書の代わりに使用可
クレジットカード明細の活用	金額の裏付けに使用できる（領収書の代替にはならないが参考資料として有効）

⚠️ 重要： 医療費の領収書は申告後5年間の保管義務があります。税務調査で提示を求められる場合があるため、申告後も必ず保管してください。

5年遡及申告の具体的な手順（年度別・ステップ別）

全体の流れとスケジュール感

遡及申告は以下のフローで進めます。複数年をまとめて申告する場合は、年度ごとに別々の申告書を作成する必要があります。

STEP1：遡及する年度の確認・対象年度の選定
        ↓
STEP2：各年度の医療費領収書・医療費通知書の整理
        ↓
STEP3：源泉徴収票・確定申告書など必要書類の収集
        ↓
STEP4：年度ごとに「医療費控除の明細書」を作成
        ↓
STEP5：年度ごとに「確定申告書B」を作成
        ↓
STEP6：税務署への提出（窓口・郵送・e-Tax）
        ↓
STEP7：還付金の受取（申請後おおむね1〜2ヶ月）

STEP1・2 対象年度の選定と医療費の整理

■ 申告する年度の優先順位のつけ方

まず、過去5年間の各年度について「医療費合計額」を概算します。

健康保険組合から届いた医療費通知書（医療費のお知らせ）を確認する
手元にある領収書・クレジットカード明細を年度別に分類する
合計額が10万円（または総所得金額×5%）を超えている年度を申告対象に設定する

💡 効率化のコツ： 医療費通知書はマイナポータルからもダウンロードできます（2021年度以降分）。マイナンバーカードがあれば、過去の医療費データを一括確認可能です。

■ 医療費集計明細書への記入方法

医療費を整理したら、「医療費控除の明細書」（国税庁指定様式）に記入します。

【記入項目】
①　医療を受けた方の氏名
②　病院・薬局等の名称
③　医療費の区分（病院、薬局、その他）
④　支払った医療費の額
⑤　保険金などで補填される金額

📎 国税庁ウェブサイト（https://www.nta.go.jp）から最新様式をダウンロードしてください。年度ごとに様式が異なる場合があるため、必ず申告する年度に合ったものを使用してください。

STEP3〜5 確定申告書の作成方法

■ 確定申告書Bの作成手順（給与所得者の場合）

「第一表」の記入
「給与所得」欄：源泉徴収票の「給与所得控除後の金額」を転記
「医療費控除」欄：計算した控除額を記入
「還付される税金」欄：計算結果を記入
「第二表」の記入
住所・氏名・マイナンバー等の基本情報
医療費控除の詳細金額

💡 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（e-Tax）を使えば、質問に答えていくだけで自動計算されるため、手書きよりも格段に簡単です。 計算ミスの心配もありません。

STEP6 提出方法別の手順とメリット・デメリット

提出方法	手順	メリット	デメリット
税務署窓口へ持参	書類一式を窓口に提出	その場で確認・修正が可能	開庁時間に行く必要がある
郵送	確定申告書・明細書を簡易書留で郵送	自宅から可能	到達確認に時間がかかる
e-Tax（電子申告）	国税庁サイトまたはマイナポータルアプリから送信	24時間対応・還付が早い	初回設定が必要

💡 複数年を遡及する場合は、年度ごとに別封筒・別ファイルで提出することを推奨します。 同封する際は「〇〇年分申告書在中」と明記しましょう。

STEP7 還付金の受取タイミング

提出方法	還付金が届くまでの目安
e-Tax（電子申告）	約3〜5週間
書面（窓口・郵送）	約1〜2ヶ月

還付金は、申告書に記載した指定口座（銀行・ゆうちょ）に振り込まれます。振込通知が届かない場合は、税務署に照会してください。

e-Tax・マイナポータル連携で申告をスムーズにする方法

e-Taxで遡及申告する手順

e-Taxを使えば、自宅から24時間申告でき、書類の郵送も不要です。還付金の到着も書面申告より早いため、積極的に活用しましょう。

■ e-Tax利用に必要なもの

マイナンバーカード（または利用者識別番号）
ICカードリーダー（スマートフォンのNFC機能でも代替可）
国税庁「確定申告書等作成コーナー」へのアクセス

■ e-Tax申告の手順

①　国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
    （https://www.keisan.nta.go.jp）

②　「作成開始」→「所得税」→申告する年度を選択

③　「給与所得」に源泉徴収票の内容を入力

④　「医療費控除」→「明細書を入力する」を選択し医療費を入力

⑤　控除額・還付額が自動計算される

⑥　マイナンバーカードで電子署名して送信

⑦　受信通知メールを保存して完了

マイナポータル連携で医療費データを自動取得する方法

2021年分以降の医療費については、マイナポータル連携機能を使うことで、健康保険組合・協会けんぽが管理する医療費データを自動取得できます。

■ 連携手順

マイナポータルアプリをスマートフォンにインストール
「もっとつながる」→「医療費通知情報」から連携設定
e-Taxの確定申告書等作成コーナーで「マイナポータル連携を使用する」にチェック
過去分の医療費データが自動反映される

⚠️ 注意点： マイナポータルで取得できる医療費データは、健康保険が適用された診療のみです。自費診療・処方箋薬局の一部・通院交通費は含まれないため、別途手動入力が必要です。

よくある失敗・注意点と対処法

失敗①「保険金の控除忘れ」で申告額が過大になる

医療費から保険金・高額療養費・出産育児一時金などを差し引かずに申告すると、過大申告になります。これは後日税務署から修正を求められる場合があります。

対処法： 医療費控除の明細書を記入する際、「補填された金額」欄に必ず記入する。保険金の支払通知書を確認し、正確な金額を把握することが重要です。

失敗②「年度をまたぐ医療費の振り分けミス」

12月に受診して翌年1月に支払った場合、医療費は支払った年（1月）に帰属します。受診日ではなく支払日ベースで年度を振り分ける点に注意が必要です。

対処法： 領収書の「支払日」を必ず確認して年度を分類する。領収書が不明確な場合は医療機関に問い合わせましょう。

失敗③「複数年の書類を1つの封筒に混在させる」

複数年を遡及申告する際に、年度が異なる書類を1つにまとめて提出すると処理が遅延したり、税務署で確認の連絡が来る場合があります。

対処法： 年度ごとに封筒・クリップ・バインダーで完全に分け、年度を明記したラベルを貼る。書類の順序も申告年度の古い順に統一すると処理がスムーズです。

失敗④「還付申告の期限を見逃す」

2020年（令和2年）分の還付申告期限は2025年12月31日です。この期限を過ぎると申告できなくなります。申告漏れに心当たりがある方は今すぐ確認してください。

対処法： まず過去5年分の医療費の概算を確認し、10万円を超えている年度がないかをチェックする。不確実な場合は最寄りの税務署に相談してください。

失敗⑤「同一生計の家族分を含めていない」

医療費控除は、生計を同じくする配偶者・子ども・親の医療費もまとめて申告できます。家族分を含めると対象額が大きく増えるケースがあります。

対処法： 家族全員分の領収書・医療費通知書を一か所にまとめ、名義を問わず集計する。配偶者が別途申告する場合は、夫婦どちらか一方にまとめて申告するのが効率的です。

FAQ

会社員ですが、5年前の医療費を今から申告できますか？

A：可能です。給与所得者が医療費控除を申告する場合は「還付申告」となり、申告対象年の翌年1月1日から5年以内であれば申告できます。2025年時点では2020年（令和2年）〜2024年（令和6年）分が対象です。勤務先への届け出は不要で、ご自身で税務署またはe-Taxで申告してください。 年末調整では医療費控除は申告できないため、この手続きが必須です。

5年分をまとめて1枚の申告書に記入していいですか？

A： いいえ、年度ごとに別々の確定申告書を作成する必要があります。 例えば2020年〜2024年の5年分を申告する場合、それぞれの年度用の申告書を5枚作成して提出します。申告書の様式は各年度の国税庁ウェブサイトからダウンロードしてください。e-Taxを使用する場合も、年度ごとに別々のファイルで送信することになります。

医療費通知書（医療費のお知らせ）だけで申告できますか？

A：