市販薬は医療費控除の対象？処方薬との判定基準を解説【2025年】

医療費控除の申告を準備していると、「ドラッグストアで買った風邪薬は控除できるの？」「処方してもらった薬はどうなの？」という疑問にぶつかります。実は、医薬品の種類によって控除の可否が大きく異なり、判断を誤ると申告漏れや過剰申告につながるリスクがあります。

本記事では、2025年の確定申告（2024年分）に向けて、市販医薬品と処方医薬品の医療費控除における対象判定基準を、計算式・具体例・申請手順とあわせて詳しく解説します。確定申告を控えた会社員・主婦・フリーランスの皆さんが、正確に控除対象を判定できるよう、判定フローチャートとチェックリストもご紹介します。

医療費控除の制度概要と法的根拠

医療費控除とは、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費の自己負担額が一定額を超えた場合に、超えた部分を所得から差し引いて税金を減らせる制度です。所得税法第73条に規定されており、税金の計算における「所得控除」の一つに位置づけられています。

制度の基本的な仕組み

法的根拠となる主な法令・通達は以下のとおりです。

法令・通達	内容
所得税法第73条	医療費控除の定義と計算方法
所得税法施行令第207〜209条	対象となる医療費の範囲の詳細
国税庁通達（所基通73-3など）	医薬品ごとの判定基準の具体的な指針

この制度において特に重要なのが「疾病の治療を直接の目的とする支出かどうか」という判定基準です。後述する市販薬の控除可否の判断も、この基準が根拠になっています。

市販薬と処方薬：控除対象の基本的な区分

医薬品の医療費控除可否は、購入先（ドラッグストアか薬局か）ではなく、医師の処方・指示の有無と医薬品の分類によって決まります。まず全体像を把握しましょう。

区分ごとの控除対象一覧

区分	医療費控除の対象	主な例
処方医薬品（医師の処方箋あり）	✅ 対象	抗生物質、降圧剤、糖尿病治療薬など
医療用医薬品（院内投薬）	✅ 対象	入院・外来での医師が直接投薬したもの
市販医薬品（一般OTC薬）	❌ 原則対象外	市販の風邪薬、胃腸薬、栄養ドリンクなど
セルフメディケーション税制対象薬	✅ 別制度で控除可能	ロキソニンS、アレグラFXなど一部の転用OTC薬
医薬部外品・サプリメント	❌ 対象外	栄養補助食品、ビタミン剤（健康維持目的）

なぜ市販薬は原則対象外なのか

国税庁の通達に基づき、医療費控除の対象となる医薬品は「医師等による診療・治療を受けるために直接必要な支出」に限定されています。

市販薬の多くは、医師の診察を経ずに自己判断で購入するため、「医師の治療と直接結びついた支出」とはみなされません。一方で処方薬は、医師の診断・処方という医療行為の一環として購入されるため、明確に控除対象と判断されます。

処方医薬品が控除対象となる条件と注意点

処方医薬品は、以下の条件を満たせば医療費控除の対象になります。

対象となる処方薬の条件

医師・歯科医師が発行した処方箋に基づくもの
内科・外科・歯科・精神科を問わず、保険診療・自由診療の別を問わない
処方箋なしに薬局で購入した薬は、同じ成分であっても対象外
調剤薬局で調剤されたもの
保険調剤・自費調剤いずれも対象
領収書（調剤明細書）を保管しておく必要がある
院内投薬（病院・クリニックで直接もらう薬）
外来・入院時の薬代もすべて対象
病院の領収書に「薬剤費」として記載されることが多い

処方薬でも対象外になるケース

処方薬であっても、次の場合は控除の対象から除外・減額されます。

健康保険・生命保険などで補填された金額：保険金として受け取った額は、対応する医療費から差し引く必要があります
会社の福利厚生・健保組合の給付金：受け取った補助金がある場合はその額を差し引く

市販薬が控除対象になる例外的なケース

市販薬は原則として対象外ですが、重要な例外があります。それが「医師の診療・治療に付随する場合」と、別制度として設けられた「セルフメディケーション税制」です。

例外①：医師の指示に基づく購入

医師が「この市販薬を買って使いなさい」と明示的に指示した場合、その市販薬は医療費控除の対象になる可能性があります。ただし、この判断は税務署が個別に行うため、医師の指示内容が分かる書面や処方指示のメモを保管しておくことが重要です。

なお、「先生に勧められた気がする」程度では認められないケースが多いため、可能であれば医師に文書での指示や処方箋の発行を依頼することが確実です。

例外②：セルフメディケーション税制（別制度）

セルフメディケーション税制は、通常の医療費控除とは別の制度です。2017年1月からスタートし、2026年12月まで延長が決定されています（2025年時点）。

セルフメディケーション税制の概要

項目	内容
控除の仕組み	対象医薬品の年間購入額 − 1万2,000円 = 控除額
最大控除額	8万8,000円（購入額10万円まで）
適用条件	①対象医薬品を年間1万2,000円超購入、②その年に健康診断・予防接種・特定健診などを受けている
通常の医療費控除との関係	同一年はどちらか一方のみ選択適用（併用不可）

セルフメディケーション税制の対象薬品

医療用から転用されたOTC医薬品のうち、厚生労働省が指定する品目が対象です。代表的な例は以下のとおりです。

解熱鎮痛剤：ロキソニンS、イブプロフェン系製品
抗アレルギー薬：アレグラFX、クラリチンEXなど
胃腸薬：ガスター10（H2ブロッカー含有品）
目薬（アレルギー用）：ザジテンALなど
皮膚薬：リンデロンVS軟膏など一部の市販品

対象かどうかはパッケージに「セルフメディケーション税制対象」または「スイッチOTC」のロゴが記載されています。購入の際に確認しましょう。

⚠️ 注意：第2類・第3類医薬品でもセルフメディケーション対象品がある一方、第1類・要指導医薬品でも非対象品があります。分類ではなく「パッケージのマーク」で確認してください。

対象外となる医薬品・支出の具体例

誤って申告しないよう、対象外となる支出のパターンを整理します。

医療費控除の対象外（主なもの）

医薬品カテゴリ別

支出の種類	対象外の理由
市販のビタミン剤・栄養補助食品	健康増進・予防目的のため
風邪予防のための市販薬	治療ではなく予防目的
美容目的の薬品・化粧品	疾病治療と無関係
医薬部外品（湿布・目薬の一部）	医薬品に該当しない区分
睡眠補助サプリ・栄養ドリンク	医薬品ではなく食品・部外品
禁煙補助薬（医師の処方なし）	自己判断で購入した市販品

その他の注意点

予防接種費用（インフルエンザワクチンなど）：治療ではなく予防のため原則対象外
人間ドック・健康診断費用：異常が発見されて引き続き治療を受けた場合のみ対象
差額ベッド代：患者の都合で選択した個室の費用は対象外

医療費控除の計算式と具体的な計算例

計算式

医療費控除額 ＝ （年間医療費合計 − 保険金等で補填される金額） − 10万円※

※ 総所得金額等が200万円未満の場合は「総所得金額等 × 5%」
最大控除額：200万円

控除額に所得税率を掛けた額が「還付または軽減される税額」になります。

還付税額の目安 ＝ 医療費控除額 × 所得税率

具体的な計算例

【ケース1】処方薬中心の医療費

会社員Aさん（年収600万円、所得税率20%）の年間医療費：

支出内容	金額	控除対象
定期通院（内科・整形外科）の窓口負担	85,000円	✅
処方箋による薬代（調剤薬局）	42,000円	✅
市販の風邪薬・胃腸薬（ドラッグストア）	8,000円	❌
セルフメディケーション対象薬（ロキソニンSなど）	15,000円	✅※
ビタミン剤・栄養補助食品	12,000円	❌

※セルフメディケーション税制を選択しない場合は対象外

通常の医療費控除を選ぶ場合：

控除対象額 ＝ 85,000円 ＋ 42,000円 ＝ 127,000円
医療費控除額 ＝ 127,000円 − 10万円 ＝ 27,000円
還付税額の目安 ＝ 27,000円 × 20% ＝ 5,400円

セルフメディケーション税制を選ぶ場合：

控除対象薬品購入額 ＝ 15,000円
控除額 ＝ 15,000円 − 12,000円 ＝ 3,000円
還付税額の目安 ＝ 3,000円 × 20% ＝ 600円
→ この場合は通常の医療費控除の方が有利

【ケース2】セルフメディケーション税制が有利なケース

フリーランスBさん（年間医療費が少なく、対象OTC薬を多く購入）：

支出内容	金額
通院費（1回のみ）	3,000円
セルフメディケーション対象薬	55,000円

通常の医療費控除 ＝ （3,000円 − 10万円） ＝ 対象外（マイナスのため控除なし）

セルフメディケーション税制 ＝ 55,000円 − 12,000円 ＝ 43,000円の控除
→ セルフメディケーション税制を選ぶのが正解

このように、どちらの制度が有利かは個人の医療費の内訳によって異なります。両方を計算して比較することが重要です。

申請手順と必要書類（5ステップ）

ステップ1：医療費情報の収集（1月〜12月）

年間を通じて以下を収集・保管します。

処方薬の調剤明細書・領収書（薬局発行）
病院・クリニックの領収書（窓口負担分）
セルフメディケーション対象薬の購入レシート（別制度選択時）
健康保険組合からの「医療費のお知らせ」（1〜2月ごろ送付）
健康診断・人間ドックの受診証明（セルフメディケーション税制の適用条件）

💡 ポイント：マイナポータルと連携した「医療費通知情報」を利用すると、確定申告書作成時に自動で医療費データを取り込めます（対応している医療機関に限る）。

ステップ2：医療費控除かセルフメディケーション税制かを選択

2つの制度は同じ年に両方は使えません。年間の医療費総額・OTC薬購入額・所得税率をもとに、どちらの控除額が大きいかを計算して選択します。

ステップ3：「医療費控除の明細書」の作成

通常の医療費控除を選択した場合、確定申告書に添付する「医療費控除の明細書」（国税庁の様式）を作成します。

記載項目：

記載内容	記入例
医療を受けた方の氏名	山田太郎
病院・薬局等の名称	○○調剤薬局
医療費の区分	医薬品の購入
支払った医療費の額	42,000円
保険金などで補填された額	0円

⚠️ 2017年以降、領収書の添付は不要になりました（5年間の自宅保管が義務）。ただし税務署から提示を求められる場合があります。

セルフメディケーション税制を選択する場合は、「セルフメディケーション税制の明細書」を別途作成します。

ステップ4：確定申告書の作成と提出

確定申告書（第一表・第二表）に控除額を記入します。

提出方法と期限：

提出方法	期限	特記事項
e-Tax（電子申告）	2025年3月17日（月）	マイナンバーカードまたはID・パスワード方式
書面郵送	2025年3月17日（月）消印有効	管轄の税務署へ郵送
税務署窓口持参	2025年3月17日（月）	混雑に注意
還付申告（医療費控除のみ）	2025年1月〜5年間	翌年1月1日から5年間いつでも申告可能

ステップ5：還付金の受取

申告から1〜2カ月程度で指定口座に還付金が振り込まれます。e-Taxで申告した場合は3週間程度と処理が早い傾向があります。

判定基準のまとめと確認チェックリスト

申告前に、以下のチェックリストで購入した医薬品の控除可否を確認してください。

控除対象かどうかを判定するフローチャート

購入した医薬品がある
        ↓
医師・歯科医師の処方箋はあるか？
  ✅ YES → 処方医薬品として医療費控除の対象
  ❌ NO  ↓
        ↓
「セルフメディケーション税制対象」のマークはあるか？
  ✅ YES → セルフメディケーション税制の対象（別制度で控除可能）
  ❌ NO  ↓
        ↓
医師から「この市販薬を購入・使用して」と指示されたか？
  ✅ YES → 医療費控除の対象になる可能性あり（証拠書類保管）
  ❌ NO  → 医療費控除・セルフメディケーション税制ともに対象外

申告前チェックリスト

[ ] 処方薬の調剤明細書・領収書をすべて収集した
[ ] ドラッグストアのレシートから対象外の市販薬を除外した
[ ] セルフメディケーション対象薬はパッケージのマークで確認した
[ ] 保険金・給付金で補填された額を医療費から差し引いた
[ ] 通常の医療費控除とセルフメディケーション税制を両方計算して比較した
[ ] 健康診断受診証明書を準備した（セルフメディケーション選択時のみ）
[ ] 医療費控除の明細書（または専用明細書）を作成した
[ ] 申告期限（2025年3月17日）または還付申告の期限を確認した

よくある間違いと注意点

間違い①：「薬局で買ったから全部対象」と思い込む

調剤薬局と一般薬局（ドラッグストア）は別物です。処方箋を持参して調剤してもらった薬は控除対象ですが、同じ薬局でもOTCコーナーで自分で購入した市販薬は原則対象外です。

間違い②：医薬部外品を医薬品と混同する

湿布薬や目薬の一部、口腔ケア製品などには「医薬部外品」と表示されているものがあります。医薬部外品は医療費控除の対象外です。パッケージの「医薬品」「医薬部外品」の表示を必ず確認しましょう。

間違い③：家族全員分をまとめて申告し忘れる

医療費控除は生計を一にする配偶者・親族全員分をまとめて一人の納税者が申告できます。子どもの歯科矯正・親の薬代なども含めてまとめることで、10万円の壁を超えやすくなります。なお、税金上有利になるよう、家族の中で所得税率が最も高い人が申告するのが基本です。

間違い④：セルフメディケーション税制の適用条件を見落とす

セルフメディケーション税制には「その年に健康診断・予防接種・定期健診・特定健診などを受けていること」という適用条件があります。会社の定期健診の受診証明書や、予防接種の記録を必ず手元に用意してください。

間違い⑤：5年分の遡り申告を知らない

医療費控除は確定申告の義務がない会社員でも申告できます。しかも、過去5年分を遡って還付申告することが可能です。過去の領収書が残っている場合は、ぜひ遡り申告を検討してください。

まとめ

市販薬と処方薬の医療費控除における判定基準は、「医師の診療・治療と直接結びついた支出かどうか」という明確な原則に基づいています。処方薬は原則として対象ですが、市販薬は原則として対象外です。ただし、セルフメディケーション税制という別制度を通じて、一部の転用OTC薬の購入費を控除することが可能になっています。

確定申告時には、本記事の判定フローチャートとチェックリストを活用し、各医薬品の控除可否を正確に判定してください。通常の医療費控除とセルフメディケーション税制の両方の控除額を計算して比較し、より有利な方を選択することが節税のコツです。申告期限（2025年3月17日）までに必要書類を揃えて、確実に申告を進めましょう。

よくある質問（FAQ）

Q1. 市販の花粉症薬（第2類医薬品）は医療費控除の対象になりますか？

原則として対象外です。ただし、パッケージに「セルフメディケーション税制対象」のマークがある製品（アレグラFXなど）は、別制度（セルフメディケーション税制）の対象となります。通常の医療費控除との比較で有利な方を選択してください。

Q2. 処方箋が出なかった（診察のみ）場合の窓口負担は控除対象ですか？

はい、対象です。処方薬がなくても、医師の診察に対して支払った窓口負担額（診察料・検査料など）は医療費控除の対象になります。

Q3. ドラッグストアのポイントや割引クーポンを使った場合、控除対象額はいくらですか？

実際に支払った金額（ポイント・割引後の金額）が控除対象です。ポイント還元分は実際の支払いではないため、控除対象には含まれません。

Q4. 歯科で処方された痛み止め（処方薬）は対象ですか？

はい、対象です。内科・外科に限らず、歯科・眼科・精神科など保険診療に関わるすべての診療科の処方薬が対象になります。

Q5. 薬の領収書を紛失した場合、申告できませんか？

領収書がない場合は申告が難しくなります。調剤薬局や病院に再発行を依頼できる場合もあるので、まず問い合わせてみてください。また、健康保険組合から送付される「医療費のお知らせ」には薬代の合計が記載されているため、補完的な資料として利用できる場合があります（ただし税務署によって扱いが異なります）。

Q6. セルフメディケーション税制と通常の医療費控除、どちらを選んでも問題ありませんか？

どちらを選択しても問題ありません。同一年に両方を使うことはできませんが、どちらか有利な方を自由に選択できます。申告書を作成する際に両方の控除額を計算し、還付額が大きくなる方を選んでください。

Q7. 市販の漢方薬は医療費控除の対象になりますか？

医師の処方箋に基づいて調剤薬局で購入した漢方薬は対象になります。一方、ドラッグストアで自分で購入した市販の漢方薬は原則として対象外です。ただし、医師から具体的な指示があった場合は対象になる可能性があるため、書面での指示を医師に依頼することをお勧めします。