年末調整後に医療費控除を追加申告する方法と還付時期【2025年版】

「年末調整はもう終わったけど、病院代がかなりかかった……今から申告できるの？」──答えはYESです。還付申告という制度を使えば、年末調整後でも医療費控除を申告し、払い過ぎた所得税を取り戻せます。本記事では、申告できる期間・必要書類・還付額の計算方法・振込までの日数を、給与所得者向けにステップ順で解説します。医療費が年間10万円を超えた場合、数万円単位で税金が戻ってくる可能性があるため、この機会に手続きを進めることをおすすめします。

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還付申告とは何か──年末調整との違いを整理する

年末調整で医療費控除が「できない」理由

会社員の多くは、毎年12月に会社が行う年末調整によって所得税の過不足を精算します。ところが、医療費控除は年末調整の対象外です。所得税法上、医療費控除（同法第72条）は本人が確定申告によって申告しなければならない控除であり、会社が代わりに処理することができません。

つまり、「会社が全部やってくれるから自分は何もしなくていい」と思っていた場合、医療費控除だけは自分で手続きしなければ還付を受けられない、ということです。

還付申告の法的位置づけ

還付申告は所得税法第120条（確定申告による還付請求権）に基づき、源泉徴収や年末調整で納め過ぎた税金を取り戻すための申告制度です。通常の確定申告期間（翌年2月16日〜3月15日）とは別に、独立した申告期間が設けられており、給与所得者にとって非常に使いやすい仕組みになっています。

還付申告と確定申告の比較

項目	還付申告	通常の確定申告
対象者	税金が戻る（還付される）人	追加納税が必要な人・義務申告者
申告期間	翌年1月1日〜5年間	翌年2月16日〜3月15日
提出義務	任意（権利として申告）	一定条件では義務
混雑度	1〜2月は比較的空いている	2月後半〜3月は大混雑

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還付申告ができる期間──「5年遡及」を見逃さない

申告できる期間

還付申告は、対象年の翌年1月1日から5年間申告できます。2025年現在、以下の年分について申告が可能です。

対象年	申告期限
2024年分	2029年12月31日まで
2023年分	2028年12月31日まで
2022年分	2027年12月31日まで
2021年分	2026年12月31日まで
2020年分	2025年12月31日まで

「去年分を申告するのを忘れた」「3年前も医療費が多かった」という場合でも、5年以内であれば申告して取り戻せます。ただし、期限を1日でも過ぎると権利が消滅するため注意が必要です。

2月16日より前でも申告できる

通常の確定申告は2月16日が開始日ですが、還付申告に限っては1月1日から受け付けています。医療費控除だけを申告する場合は、2月の混雑を避けて1月に提出するのが賢い選択です。税務署の窓口も比較的空いており、e-Taxなら元日以外いつでも送信できます。

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医療費控除の対象になるもの・ならないもの

控除できる医療費の範囲

医療費控除は本人だけでなく、生計を一にする家族全員分の医療費を合算して申告できます。「生計を一にする」とは、必ずしも同居していなくても、仕送りや日常的な生活費の援助がある親族を指します。

控除対象になる主な医療費

種類	対象になるもの	対象にならないもの
診療・治療費	病院・診療所での診察・治療	人間ドック・健康診断（※例外あり）
薬代	医師処方箋の医薬品	サプリメント・ビタミン剤
入院費	入院時の食事療養費・差額ベッド代	テレビカード・私的な日用品
歯科	保険診療の治療（虫歯・抜歯）	矯正・インプラント（原則）
出産費用	分娩費・入院費	妊婦健診（保険外）
交通費	通院の電車・バス代	自家用車のガソリン代・駐車場代
介護費用	介護老人保健施設の利用料	入居一時金（返還されるもの）

注意が必要なケース

• 人間ドック：通常は対象外ですが、検査で異常が見つかりそのまま治療に移行した場合は全額対象になります
• タクシー代：原則対象外ですが、深夜・急病など公共交通機関を利用できないやむを得ない理由がある場合は対象になります
• 通院交通費：バス・電車代はレシートがなくても、日付・病院名・金額をメモしておけば認められます

保険金等で補填された部分は差し引く

医療費から健康保険の高額療養費・出産育児一時金・生命保険の入院給付金などで補填された金額を差し引いた後の実質負担額が計算の基礎になります。補填額の差し引きは、補填の対象となった医療費ごとに行います（ほかの医療費から引くことはできません）。

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医療費控除の計算方法──還付金はいくら戻るか

基本の計算式

医療費控除額の計算式は次のとおりです。

医療費控除額 ＝（支払った医療費の合計 － 保険金等の補填額）－ 10万円
              ※ただし、総所得金額が200万円未満の場合は「総所得金額 × 5%」

控除額の上限は200万円です。

還付金の計算式

医療費控除額が算出できたら、次の式で還付金を試算します。

還付金の概算 ＝ 医療費控除額 × 所得税率

所得税率は課税所得（給与収入から各種控除を引いた後の金額）によって異なります。

課税所得	所得税率
195万円以下	5%
195万円超〜330万円以下	10%
330万円超〜695万円以下	20%
695万円超〜900万円以下	23%
900万円超〜1,800万円以下	33%

具体的な計算例

前提条件
– 給与収入：500万円
– 課税所得（概算）：約250万円 → 所得税率10%
– 1年間の医療費（本人＋家族合計）：35万円
– 健康保険の給付（高額療養費）：5万円

① 実質負担医療費 ＝ 35万円 － 5万円 ＝ 30万円
② 医療費控除額  ＝ 30万円 － 10万円 ＝ 20万円
③ 還付金概算   ＝ 20万円 × 10%   ＝ 2万円

さらに、住民税（税率10%）も軽減されるため、翌年6月以降の住民税から追加で約2万円分の節税になります。合計で約4万円の恩恵を受けられる計算です。

ポイント： 所得税率が20%（課税所得330万円超）の方が医療費30万円を控除した場合は、所得税の還付だけで4万円になります。課税所得が高いほど還付効果が大きくなります。

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必要書類を準備する

申告に必要な書類一覧

書類	入手先	備考
確定申告書（第一表・第二表）	税務署・国税庁ウェブサイト	e-Taxなら画面上で作成
医療費控除の明細書	国税庁ウェブサイト	領収書の代わりに提出
給与所得の源泉徴収票	勤務先（年末に配布）	年間収入・源泉徴収税額を確認
医療費の領収書	各医療機関	明細書作成後は5年間自宅保管
健康保険組合の通知書	加入している保険者	高額療養費・付加給付の金額確認
マイナンバー確認書類	本人所持のもの	マイナンバーカード or 通知カード＋身分証
振込口座情報	本人の通帳・キャッシュカード	還付金の受取口座

領収書は「提出不要」になった

2017年分の申告から、領収書の原本を税務署に提出する必要がなくなりました。代わりに「医療費控除の明細書」を自分で作成して提出します。ただし、領収書は申告期限から5年間は自宅で保管する義務があり、税務署から提示を求められる場合があります。捨てないよう注意してください。

健康保険組合の「医療費通知」を活用する

多くの健康保険組合は「医療費のお知らせ」を年明けに発送します。この通知書を活用すると、明細書の記入を大幅に省略できます。ただし、通知書に記載されていない医療費（12月分など）は別途自分で記入する必要があります。

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申告方法を選ぶ──e-Tax・書面・持参の比較

3つの申告方法

e-Tax（電子申告）

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」から申告書を作成し、インターネット経由で送信する方法です。

• マイナンバーカード＋スマートフォン（またはICカードリーダー）があれば手続き完了
• 24時間いつでも申告可能（メンテナンス時間を除く）
• 還付が最も早い（申告から約3週間で振込）
• 源泉徴収票のデータをマイナポータルから自動取得できる（対応している場合）

書面郵送

作成した申告書を印刷し、管轄の税務署へ郵送する方法です。

• 提出期限は消印有効
• 窓口に行く必要がない
• e-Taxより還付が遅くなることがある（1〜2週間程度の差）

税務署窓口への持参

税務署に直接出向いて申告書を提出する方法です。

• 記入に不安がある場合は職員に確認できる（ただし代書はしてもらえない）
• 2月16日〜3月15日は大混雑するため、医療費控除のみなら1月中がおすすめ
• 受付印を押してもらえるため提出証明になる

e-Taxと書面の比較まとめ

比較項目	e-Tax	書面（郵送・持参）
手続きの手軽さ	◎ スマホで完結可	△ 印刷・投函が必要
還付の速さ	◎ 約3週間	○ 約1〜2カ月
受付時間	◎ 24時間	× 開庁時間内のみ
必要なもの	マイナンバーカード等	印刷環境・封筒・切手

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ステップ別の申告手順

ステップ1：医療費を集計する

1年分（1月1日〜12月31日）の医療費領収書を家族分すべて集めます。通院交通費は領収書がなくてもメモで対応可能です。保険金等の補填額を差し引いて、実質負担額を計算します。

ステップ2：医療費控除の明細書を作成する

国税庁のウェブサイトから「医療費控除の明細書（第三表）」をダウンロードし、医療機関ごとに金額を記入します。e-Taxの作成コーナーを使えば、入力画面の指示に従うだけで自動的に明細書が完成します。

ステップ3：確定申告書を作成する

源泉徴収票の数字（給与収入・所得控除の合計・源泉徴収税額）を確認しながら、確定申告書を作成します。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すると、数字を入力するだけで還付金額が自動計算されます。

ステップ4：申告書を提出する

e-Tax・郵送・持参のいずれかで税務署に提出します。e-Taxの場合、送信完了後に受信通知が届き、処理状況をマイページで確認できます。

ステップ5：還付金の振込を確認する

申告書が受理され、税務署の審査が完了すると、指定口座に還付金が振り込まれます。振込の前後に「国税還付金振込通知書」がハガキで郵送されてきます。

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還付金が振り込まれるまでの日数

還付時期の目安

申告方法	申告時期	還付までの目安
e-Tax	1月中	申告から約2〜3週間
e-Tax	2〜3月	申告から約3〜5週間
書面（郵送）	1月中	申告から約4〜6週間
書面（郵送）	2〜3月	申告から約6〜8週間

繁忙期（2月後半〜3月）は税務署の処理件数が激増するため、同じ申告方法でも還付が遅くなります。1月中にe-Taxで申告するのが最も早く還付を受けられる方法です。

還付が遅れている場合の確認方法

振込通知のハガキが届かない場合や、目安の期間を大幅に超えた場合は、次の方法で確認できます。

• e-Taxのマイページ：「処理状況の確認」から審査状況をリアルタイムで確認できます
• 税務署への電話照会：管轄税務署に電話し、申告書の受理番号（送信通知に記載）を伝えて確認します
• 国税庁の還付金照会サービス：e-Taxの利用者識別番号があれば、ウェブ上で確認できます

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セルフメディケーション税制との選択

医療費が年間10万円に満たない場合でも、セルフメディケーション税制（OTC医薬品控除）を利用できる可能性があります。

通常の医療費控除との違い

比較項目	医療費控除	セルフメディケーション税制
対象	医療費全般	対象OTC医薬品のみ
控除下限	10万円（※総所得5%の場合あり）	1万2,000円
控除上限	200万円	8万8,000円（支出から1万2,000円を差し引いた額）
申告要件	特になし	健康診断・予防接種等の受診が必要
併用	できない（どちらか一方）	できない

年間の医療費が10万円未満で、ドラッグストアでの薬代が多い方はセルフメディケーション税制の活用を検討してください。対象医薬品には「セルフメディケーション税制対象」と表示されています。

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よくある失敗と注意点

控除対象の医療費を過不足なく集計する

最もよくあるミスが、家族分の医療費を集計漏れすることと、対象外の費用を誤って計上することの2点です。申告前に、健康保険の「医療費のお知らせ」と自分で保管している領収書を照合して、抜け漏れがないか確認しましょう。

補填金の処理を正確に行う

高額療養費・出産育児一時金・民間保険の給付金を差し引かないまま申告すると、過大申告になり税務署から修正を求められます。保険金・給付金の額は対応する医療費からのみ差し引くというルールを守ってください。A病院での手術費用に対して給付された保険金は、A病院の費用からのみ差し引き、B病院の費用から引くことはできません。

源泉徴収票を正確に転記する

確定申告書の「給与所得の源泉徴収票」欄の数字を誤記入すると、計算結果が変わり還付金が増減したり、申告不備として税務署から連絡が来ることがあります。特に「源泉徴収税額」（既に支払い済みの所得税額）は正確に転記してください。

申告後の修正（更正の請求）

申告後に計算ミスや計上漏れに気づいた場合は、更正の請求（申告期限から5年以内）または修正申告を行うことができます。還付額が増える方向の修正は「更正の請求」、追加納税が必要な修正は「修正申告」です。

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よくある質問

Q1. 会社員ですが、医療費控除だけのために確定申告は必要ですか？

はい、医療費控除は年末調整では申告できないため、確定申告（還付申告）が必要です。ただし、医療費控除のみを申告する場合は「還付申告」として扱われ、通常の確定申告期間（2月16日〜3月15日）より前の1月1日から申告できます。

Q2. 領収書を何枚か紛失してしまいました。申告できますか？

紛失した領収書については、医療機関の窓口で再発行を依頼できる場合があります。再発行が難しい場合でも、健康保険組合から届く「医療費のお知らせ」に記載されている分については明細書に記入できます。ただし、通知書の記載内容と実際の支払額が異なる場合は注意が必要です。

Q3. 還付申告で申告書を提出してから、還付金が来ないまま2カ月が過ぎました。

申告時期が繁忙期（2〜3月）と重なった場合や書面申告の場合、処理に時間がかかることがあります。e-Taxのマイページや国税庁の照会サービスで処理状況を確認し、それでも不明な場合は管轄の税務署に電話で問い合わせてください。振込前に「国税還付金振込通知書」のハガキが届くため、届いていない場合は処理中の可能性が高いです。

Q4. 5年前の医療費も申告できますか？計算方法は変わりますか？

2020年分（2025年12月31日期限）まで申告が可能です。計算式自体は現行と同じですが、その年の所得税率・課税所得・源泉徴収税額をもとに計算するため、当該年の源泉徴収票が必要です。勤務先に保管されていない場合は、税務署に「源泉徴収票の交付に関する依頼書」を提出して入手できます。

Q5. セルフメディケーション税制と医療費控除はどちらが得ですか？

医療費（病院・薬局の合計）が年間10万円を超える場合は通常の医療費控除が有利です。10万円未満でも市販薬（OTC医薬品）の購入が年間1万2,000円を超える場合はセルフメディケーション税制を検討してください。ただし、両制度は同一年に併用できないため、どちらの控除額が大きいかをシミュレーションして選択してください。

Q6. 確定申告書の作成が不安です。どこで相談できますか？

毎年2〜3月には全国の税務署・確定申告会場で「書き方相談コーナー」が開設されます。また、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」は画面の指示に従って入力するだけで申告書が完成する仕組みのため、初めての方でも利用しやすい設計です。税理士への相談も可能ですが、医療費控除のみの申告であれば費用対効果を考慮して判断してください。

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医療費控除の申告で数万円を取り戻す──今すぐ手続きを進めましょう

年末調整が済んでいても、医療費控除は翌年1月1日から5年間、いつでも還付申告できます。申告手続き自体はe-Taxを使えばスマートフォン一つで完結し、申告から約2〜3週間で還付金が振り込まれます。

申告準備のチェックリスト

• [ ] 家族全員分の医療費領収書を集めた
• [ ] 健康保険の給付金・高額療養費を確認した
• [ ] 勤務先から源泉徴収票を受け取った
• [ ] マイナンバーカードを用意した（e-Tax利用の場合）
• [ ] 還付金の受取口座を確認した
• [ ] 医療費控除の明細書を作成した

医療費が年間10万円を超えた年は、必ず還付申告を検討してください。手続きにかかる時間は慣れれば30〜60分程度です。数万円単位で税金が戻ってくる可能性がある手続きを、手間がかかるからといって後回しにするのはもったいない選択です。申告期限（5年）が来る前に、ぜひ今年中に手続きを完了させましょう。

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免責事項： 本記事は2025年時点の税制をもとに作成した一般的な情報提供を目的としています。個別の税務判断については、所轄税務署または税理士にご相談ください。