医療費控除の還付申告を年末調整後にする方法【2025年最新・会社員向け完全ガイド】

「年末調整が終わってしまった…医療費控除はもう申告できないの？」

そう思っている会社員の方、安心してください。年末調整後でも、医療費控除の還付申告は必ず申告できます。 年末調整と医療費控除の申告は、まったく別の手続きです。

この記事では、還付申告の申告時期・必要書類・返金までの期間・手続きの順序を、具体的な計算例を交えてわかりやすく解説します。正しく申告すれば、数万円が手元に戻ってくるケースも珍しくありません。

年末調整後でも医療費控除の還付申告はできる？基礎知識

還付申告と確定申告の違いをわかりやすく比較

まず、多くの会社員が抱く「年末調整が終わったから手遅れでは？」という誤解を解消しましょう。

年末調整は、会社が従業員の代わりに行う税金の精算手続きです。ただし、年末調整で対応できる控除には限りがあり、医療費控除は年末調整の対象外です。医療費控除を受けるには、自分で税務署に申告する必要があります（所得税法第72条・第120条）。

確定申告と還付申告の違いを整理すると、以下のとおりです。

項目	確定申告（申告納税）	還付申告
目的	税金を計算して納税する	納め過ぎた税金を取り戻す
対象者	自営業者・副業収入がある人など	会社員・給与所得者など
申告期間	翌年2月16日〜3月15日	翌年1月1日〜5年間
義務	原則義務	任意（権利として申告）
年末調整との関係	別途申告が必要	年末調整後でも申告可能

医療費控除の還付申告は確定申告の一種ですが、義務ではなく「権利」として申告するものです。会社員が医療費控除を申告する場合は、この「還付申告」の形をとります。

重要な点として、還付申告は1月1日から受け付けが始まります。 一般的な確定申告の受付期間（2月16日〜3月15日）を待たなくても、1月1日以降すぐに申告できるため、早めに手続きすれば還付金も早く受け取れます。

還付申告ができる時期と期限：「5年以内」が鍵

いつからいつまで申告できるのか

還付申告が可能な期間は、対象となる年の翌年1月1日から5年以内です（国税通則法第74条）。

たとえば2024年（令和6年）分の医療費について申告する場合：

申告開始日：2025年1月1日
申告期限：2029年12月31日（5年後の12月31日まで）

この「5年以内」というルールは非常に重要です。「去年の医療費控除を申告し忘れた」「一昨年分も遡って申告したい」という場合も、5年以内であればまとめて申告が可能です。

ただし、毎年分は別々の申告書を作成する必要があります。2022年分・2023年分・2024年分をまとめて申告する場合、それぞれの年の書類を別途用意してください。

申告のベストタイミング

タイミング	メリット	デメリット
1月〜2月上旬	税務署が比較的空いている・還付が早い	源泉徴収票の入手が年明け直後になる
2月中旬〜3月	確定申告期間と同時に対応可能	税務署が混雑しやすい
4月以降	混雑が落ち着く	還付が遅くなる

最もおすすめのタイミングは1月中旬〜2月上旬です。 会社から源泉徴収票が届き次第、早めに申告することで還付金も早く受け取れます。

医療費控除の計算方法：還付額のシミュレーション

控除額の計算式

医療費控除の控除額は、以下の計算式で求めます。

医療費控除額 ＝ 実際に支払った医療費の合計
              − 保険金・給付金などで補てんされた金額
              − 10万円（または総所得金額の5%、いずれか少ない方）

控除額の上限は200万円です。

還付金額の計算例

【例】年収500万円の会社員が、年間15万円の医療費を支払った場合

まず、課税所得と適用税率を確認します。

年収500万円の場合、給与所得控除後の給与所得はおよそ356万円
基礎控除（48万円）などを差し引いた課税所得はおよそ230万円前後
適用税率：10%（課税所得195万円超〜330万円以下）

計算のステップは以下のとおりです。

① 医療費控除額の計算
   15万円（支払医療費）− 0円（保険給付金）− 10万円 ＝ 5万円

② 還付税額の計算
   5万円 × 10%（所得税率）＝ 5,000円（所得税の還付）

③ 住民税の軽減額（翌年分）
   5万円 × 10%（住民税率）＝ 5,000円（翌年の住民税が軽減）

④ 合計節税効果
   5,000円 ＋ 5,000円 ＝ 約1万円の節税

【例】年収600万円の会社員が、年間30万円の医療費（うち保険金5万円補てん）を支払った場合

① 医療費控除額の計算
   30万円 − 5万円（保険金）− 10万円 ＝ 15万円

② 還付税額の計算（税率20%の場合）
   15万円 × 20% ＝ 3万円（所得税の還付）

③ 住民税の軽減額
   15万円 × 10% ＝ 1.5万円（翌年の住民税が軽減）

④ 合計節税効果
   3万円 ＋ 1.5万円 ＝ 約4.5万円の節税

このように、医療費が多いほど・所得税率が高いほど、還付額は大きくなります。

保険金・給付金は必ず差し引く

健康保険の高額療養費・入院給付金・医療保険金など、補てんされた金額は医療費から差し引く必要があります。差し引く補てん金は、その補てんの対象となった医療費を限度とします。一つの医療費に対して受け取った補てん金がその医療費を超えても、他の医療費からさらに差し引く必要はありません。

還付申告に必要な書類一覧

会社員が準備すべき書類

申告に必要な書類は大きく分けて「本人確認書類」「収入証明書類」「医療費関連書類」の3種類です。

①本人確認書類（いずれか）

マイナンバーカード（番号確認＋身元確認を1枚で兼用）
または、マイナンバー通知カード＋運転免許証など身元確認書類

②収入証明書類

源泉徴収票（勤務先から発行されるもの・原本）
年明けに会社から交付される
紛失した場合は勤務先に再発行を依頼

③医療費関連書類

医療費控除の明細書（自分で作成）
国税庁の書式を使用するか、e-Taxで入力
領収書は5年間の保存義務あり（提出不要だが保管が必須）
医療費通知書（お知らせ）（任意・あれば添付可）
健康保険組合や協会けんぽから送付されるもの
通知書を使えば明細書の一部記載を省略可能

④申告書類

確定申告書（第一表・第二表）
税務署の窓口で入手、またはe-Taxで作成
会社員の場合は「確定申告書第A様式（令和6年以降は新様式）」

⑤振込先口座情報

還付金の振込先となる銀行口座の情報（通帳またはキャッシュカード）

書類準備チェックリスト

□ マイナンバーカード（または通知カード＋身分証）
□ 源泉徴収票（勤務先から入手済み）
□ 医療費の領収書（5年間保管。提出は不要）
□ 医療費控除の明細書（自分で作成）
□ 医療費通知書（健保組合などから届いたもの・あれば）
□ 確定申告書
□ 振込先口座情報（通帳・キャッシュカード）
□ 生命保険・健康保険の給付金通知書（補てん額確認のため）

手続きの順序：ステップごとに解説

ステップ1：医療費の集計と明細書の作成

まず、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費をすべて集計します。

領収書を探し出す：病院・薬局・交通費のメモなどを整理する
補てん金額を確認する：保険会社や健保から受け取った給付金を確認する
医療費控除の明細書を作成する：国税庁のウェブサイトからダウンロードするか、e-Taxで入力する

医療費控除の明細書には、「医療を受けた人の氏名」「病院・薬局の名称」「支払金額」「補てん金額」を記載します。

ステップ2：確定申告書の作成

確定申告書の作成方法は3つあります。

方法①：e-Tax（オンライン申告）【最もおすすめ】
– 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
– 画面の指示に従って入力するだけで申告書が完成
– マイナンバーカード＋スマートフォンまたはICカードリーダーがあればオンライン送信可能
– 還付金の処理が最も早い

方法②：税務署の窓口で作成
– 必要書類を持参して税務署に行き、職員に相談しながら作成
– 混雑期（2月〜3月）は待ち時間が長くなりやすい
– 事前予約が可能な税務署も多い

方法③：書面で郵送
– 手書きまたは印刷した申告書を税務署に郵送
– 消印日が申告日として認められる

ステップ3：申告書の提出

e-Taxの場合
– 作成後、そのままオンラインで送信（添付書類も電子データで送付可能）
– 送信完了後、受付番号が発行される

税務署窓口・郵送の場合
– 申告書一式（確定申告書・医療費控除明細書・源泉徴収票の写しなど）を提出
– 領収書は提出不要だが、5年間の保管が義務

ステップ4：還付金の受け取り

申告が完了したら、指定した銀行口座に還付金が振り込まれるのを待ちます。

還付金が振り込まれるまでの期間

申告方法・時期別の目安

還付金が振り込まれるまでの期間は、申告方法と申告時期によって大きく異なります。

申告方法	申告時期	還付までの目安
e-Tax（オンライン）	1月〜2月上旬	約2〜3週間
e-Tax（オンライン）	2月16日〜3月15日	約3〜5週間
書面（窓口・郵送）	1月〜2月上旬	約4〜6週間
書面（窓口・郵送）	2月16日〜3月15日	約6〜8週間

e-Taxを使って1月中に申告するのが、最も早く還付金を受け取れる方法です。 処理の速い場合は申告から2週間程度で振り込まれることもあります。

還付金の確認方法

e-Taxを利用した場合：e-Taxのメッセージボックスに「還付金通知書」が届く
書面申告の場合：税務署から「国税還付金振込通知書」（ハガキ）が郵送される
国税庁の確認ツール：「還付金等の確認」ページで処理状況を確認可能

還付金が予想より遅れている場合は、税務署に問い合わせるか、国税庁のウェブサイトで処理状況を確認しましょう。

e-Taxを使った申告手順：画面操作のポイント

国税庁「確定申告書等作成コーナー」での手順

STEP1：アクセスと申告方法の選択
1. 国税庁ウェブサイト（https://www.nta.go.jp）にアクセス
2. 「確定申告書等作成コーナー」を選択
3. 「作成開始」→「所得税」を選択
4. マイナンバーカードでログインするか、「印刷して提出」を選択

STEP2：基本情報の入力
1. 申告する年分（例：令和6年分）を選択
2. 住所・氏名・マイナンバーを入力
3. 「給与所得のある方」を選択

STEP3：源泉徴収票の入力
1. 源泉徴収票を手元に置き、「給与収入」欄に金額を入力
2. 源泉徴収税額・社会保険料なども転記

STEP4：医療費控除の入力
1. 「所得から差し引かれる金額」→「医療費控除」を選択
2. 医療費控除の明細書を入力（氏名・医療機関名・金額など）
3. 保険金等で補てんされた金額を入力
4. 「医療費通知書がある場合」は通知書の金額を一括入力可能

STEP5：振込先口座の登録と送信
1. 還付金の振込先口座（銀行名・支店名・口座番号）を入力
2. 申告内容を確認し、送信

よくある失敗と注意点

領収書の紛失・不備

医療費の領収書は申告書への添付は不要ですが、5年間の自宅保管が義務です。税務署から問い合わせがあった際に提出できるよう、年ごとにまとめて保管してください。

領収書をもらい忘れた場合は、医療機関に再発行を依頼できることがあります。薬局のレシートも医薬品の購入を証明する書類として有効です。

補てん金の計上漏れ

高額療養費・入院給付金・医療保険金は、支払った医療費から差し引く必要があります。差し引き忘れると過大申告になるため注意が必要です。「いくら補てんされたか」を健保組合の通知や保険会社の書類で確認してください。

家族の医療費もまとめて申告できる

医療費控除は、生計を一にする家族全員の医療費を合算できます。たとえば、共働き夫婦の場合、どちらか所得税率の高い方がまとめて申告する方が還付額が大きくなります。

対象となる家族の範囲：
– 配偶者
– 子ども（扶養の有無は問わない）
– 親（同居・別居を問わず生計を一にしている場合）

交通費は「公共交通機関のみ」

通院のための交通費は医療費控除の対象ですが、公共交通機関（電車・バスなど）に限られます。 自家用車のガソリン代や駐車場代は対象外です。タクシーは原則対象外ですが、病状により公共交通機関の利用が困難な場合は認められることがあります。

交通費は領収書がないことも多いため、日付・金額・利用した交通機関のメモを残しておくことをお勧めします。

セルフメディケーション税制との違いと選択

医療費控除には、通常の医療費控除とは別に「セルフメディケーション税制」という特例があります。

項目	通常の医療費控除	セルフメディケーション税制
控除対象	すべての医療費	特定の市販薬（スイッチOTC薬）のみ
控除の下限	10万円（または総所得の5%）	1万2,000円
控除の上限	200万円	8万8,000円
適用条件	なし	健康診断等の受診が必要
併用	不可（どちらか選択）	不可（どちらか選択）

市販薬の購入が多く、病院への支出が少ない場合はセルフメディケーション税制の方が有利なケースがあります。両方を計算し、有利な方を選択してください。

よくある質問

Q1. 年末調整が終わった後、いつから医療費控除の申告ができますか？

翌年の1月1日から申告できます。確定申告の一般的な受付期間（2月16日〜3月15日）よりも早く、1月1日以降であればいつでも申告可能です。早めに申告するほど、還付金の受け取りも早くなります。

Q2. 医療費が10万円に少し足りない場合、申告する意味はありますか？

総所得金額の5%が10万円を下回る場合は、10万円ではなく「総所得金額の5%」が控除の下限になります。たとえば年収200万円で給与所得が132万円程度の場合、控除の下限は約6.6万円になり、医療費が10万円未満でも控除を受けられる可能性があります。

Q3. 過去の分を遡って申告できますか？

はい、申告可能です。還付申告は対象年の翌年1月1日から5年間遡って申告できます。2025年時点では、2021年分（令和3年分）まで申告可能です（2025年12月31日まで）。各年ごとに申告書を別々に作成して提出してください。

Q4. 共働き夫婦の場合、どちらが申告すべきですか？

医療費控除は所得税率が高い（＝収入が多い）方が申告する方が、還付額が大きくなります。夫婦どちらかが「生計を一にする家族」の医療費をまとめて申告できるため、年収の高い方にまとめて申告することをおすすめします。

Q5. e-Taxを使わずに申告することはできますか？

もちろんできます。税務署の窓口に必要書類を持参して申告するか、申告書を作成して郵送することも可能です。ただし、e-Taxによるオンライン申告の方が処理が早く、還付金の受け取りも早くなります。

Q6. 医療費控除の明細書と領収書は両方提出が必要ですか？

いいえ、領収書の提出は不要です。提出するのは「医療費控除の明細書」のみです。ただし、領収書は5年間自宅で保管する義務があります。税務署から問い合わせがあった場合に提出できるよう、大切に保管してください。

まとめ：年末調整後でも医療費控除の還付申告は今すぐできる

この記事のポイントを整理します。

年末調整後でも医療費控除の還付申告は必ず申告できる。年末調整と医療費控除の申告は別物です
申告できる期間は翌年1月1日〜5年以内。確定申告期間（2月16日〜3月15日）を待つ必要はなく、1月1日から申告可能
必要書類は主に4点：マイナンバーカード・源泉徴収票・医療費控除の明細書・振込先口座情報
e-Taxを使えば最短2〜3週間で還付金を受け取れる
家族全員の医療費をまとめて申告でき、所得税率の高い方がまとめると節税効果が大きい

医療費の負担は大きいものですが、医療費控除を正しく申告することで、少しでも取り戻せる税金を確実に回収しましょう。e-Taxを使えば自宅から短時間で手続きが完了します。この記事を参考に、ぜひ早めの申告を検討してください。

免責事項：本記事は2025年時点の法令・制度情報をもとに作成しています。税制は改正される場合があります。個別の申告内容については、税務署または税理士にご相談ください。