給与所得控除は年末調整で済んでいるのに、医療費控除も申告していいの？と不安になっていませんか。結論から言えば両方申告できます。ただし計算の順序を間違えると控除額の計算が狂い、本来受け取れるはずの還付金を取りこぼすリスクがあります。本記事では、給与所得者が知っておくべき計算フロー・源泉徴収票の見方・申告書の正確な記入方法・税務調査対策まで、ステップごとに丁寧に解説します。
医療費控除と給与所得控除は両方申告できる？結論と根拠
結論：どちらも申告OK。仕組みが「別の控除」だから
医療費控除と給与所得控除は、課税所得を計算する過程で使われるタイミングが異なる別々の控除です。片方を申告すると、もう片方が使えなくなるというルールは存在しません。国税庁も両方の適用を認めており、確定申告書の設計上も「順番に差し引く」構造になっています。
具体的な根拠は以下のとおりです。
| 控除の種類 | 法的根拠 | 適用タイミング | 手続き |
|---|---|---|---|
| 給与所得控除 | 所得税法第28条 | 給与収入→給与所得を計算する段階 | 年末調整で自動適用 |
| 医療費控除 | 所得税法第73条 | 各種所得金額→課税所得を計算する段階 | 確定申告で手動申告 |
給与所得控除は「収入を所得に変換するための控除」であり、医療費控除は「所得から差し引く所得控除」です。カテゴリが異なるため、どちらかを申告したからといってもう一方が使えなくなることはありません。
ポイント： 年末調整で給与所得控除が適用された会社員でも、医療費が一定額を超えれば確定申告で医療費控除を追加申告できます。
正しい計算順序を理解する【重要：順序を間違えると損する】
計算フロー全体像
医療費控除と給与所得控除を両方申告する際の計算は、以下の順序で行います。
【STEP 1】
給与収入（源泉徴収票の「支払金額」）
↓ 給与所得控除を差し引く
【STEP 2】
給与所得額（源泉徴収票の「給与所得控除後の金額」）
↓ 各種所得控除を差し引く
├ 基礎控除（48万円）
├ 社会保険料控除
├ 配偶者控除・扶養控除 など
└ 医療費控除 ← ここで差し引く
【STEP 3】
課税所得金額（所得税・住民税の計算ベース）
↓ 所得税率を掛ける
【STEP 4】
所得税額（確定申告で計算・還付が発生）
なぜ順序が重要なのか
医療費控除の計算式にある「10万円の壁（または総所得金額の5%）」は、給与所得控除後の金額（給与所得額）をベースに判定します。給与収入の金額で計算しても誤りですし、課税所得で計算しても誤りです。正確には「総所得金額等」を基準に使う金額を判定します。
医療費控除額 ＝ 支払った医療費の合計 − 保険金等で補填された額 − 10万円（または総所得金額等の5%、いずれか低い方）
上限：200万円
給与所得控除の計算式と源泉徴収票の見方
給与所得控除額の早見表
給与所得控除は収入額によって以下のように定められています（令和2年分以降）。
| 給与等の年間収入金額 | 給与所得控除額 |
|---|---|
| 162.5万円以下 | 収入金額×40%（最低55万円） |
| 162.5万円超〜180万円以下 | 65万円 |
| 180万円超〜360万円以下 | 収入金額×30%＋18万円 |
| 360万円超〜660万円以下 | 収入金額×20%＋54万円 |
| 660万円超〜1,000万円以下 | 収入金額×10%＋120万円 |
| 1,000万円超 | 195万円（上限） |
計算例：年収500万円の場合
500万円 × 20% ＋ 54万円 ＝ 154万円（給与所得控除額）
給与所得額 ＝ 500万円 − 154万円 ＝ 346万円
源泉徴収票で確認すべき3つの数字
確定申告書を作成する前に、勤め先から受け取った源泉徴収票で以下の3箇所を必ず確認してください。
┌─────────────────────────────────────┐
│ 給与所得の源泉徴収票 │
│ │
│ ① 支払金額 ：5,000,000円 │
│ ② 給与所得控除後の金額：3,460,000円 │
│ ③ 源泉徴収税額 ： 152,500円 │
└─────────────────────────────────────┘
| 番号 | 項目名 | 使い道 |
|---|---|---|
| ① | 支払金額 | 給与収入として申告書に転記する |
| ② | 給与所得控除後の金額 | 医療費控除の「総所得金額等」の計算ベース |
| ③ | 源泉徴収税額 | 還付金の計算に使用。申告後に戻ってくる額の上限 |
注意： ②が「給与所得控除後の金額」です。年末調整で給与所得控除が自動で計算されているので、この数字をそのまま申告書に使います。自分で給与所得控除を再計算する必要はありません。
医療費控除の計算方法と具体例
医療費控除額の計算式
医療費控除額 ＝（支払医療費合計 − 保険金等補填額）− 10万円
※ただし、総所得金額等が200万円未満の場合は「総所得金額等 × 5%」
10万円との比較でいずれか少ない方を差し引く
控除額の上限：200万円
具体的な計算例（年収500万円・医療費40万円の場合）
前提条件
– 年収（支払金額）：500万円
– 給与所得額（控除後）：346万円
– 支払医療費合計：40万円
– 保険金等補填額：5万円
– その他の所得なし
STEP 1：総所得金額等を確認する
総所得金額等 ＝ 給与所得額（346万円）＝ 346万円
STEP 2：差し引き限度額を決める
10万円 ＜ 346万円 × 5%（17.3万円）
→ 少ない方の「10万円」が差し引き額
STEP 3：医療費控除額を計算する
医療費控除額 ＝（40万円 − 5万円）− 10万円 ＝ 25万円
STEP 4：税金の軽減額を計算する
課税所得から25万円が差し引かれる
所得税率20%（課税所得330万円超〜695万円以下）の場合：
25万円 × 20% ＝ 5万円（所得税の軽減額）
住民税率10%の場合：
25万円 × 10% ＝ 2.5万円（住民税の軽減額）
合計軽減額：7.5万円
総所得金額が200万円未満の場合
年収が低く、給与所得額が200万円未満の方は「10万円」ではなく「総所得金額等の5%」が差し引き額になります。
計算例（給与所得額150万円・医療費15万円）
差し引き額 ＝ 150万円 × 5% ＝ 7.5万円（10万円より少ないのでこちらを採用）
医療費控除額 ＝（15万円 − 0円）− 7.5万円 ＝ 7.5万円
ポイント： 所得が低い方ほど医療費控除が使いやすくなります。
確定申告書の記入方法【申告書第一表・医療費の明細書】
必要書類チェックリスト
確定申告前に以下を揃えてください。
- [ ] 源泉徴収票（勤務先から1月末までに交付）
- [ ] 医療費の明細書（国税庁書式：付表として添付）
- [ ] 医療費の領収書（5年間自宅で保管・提出不要）
- [ ] 保険金等の補填額がわかる書類（給付通知書など）
- [ ] マイナンバーカードまたは番号確認書類＋身元確認書類
申告書第一表の記入順序
確定申告書第一表への記入は、以下の順番で行うとミスを防げます。
①収入金額の記入（第一表・上段）
「給与」欄 → 源泉徴収票の「支払金額」をそのまま転記
例：5,000,000円
②所得金額の記入（第一表・中段）
「給与」欄 → 源泉徴収票の「給与所得控除後の金額」をそのまま転記
例：3,460,000円
（給与所得控除は年末調整で計算済みのため、そのまま使用する）
③医療費控除の記入（所得控除の欄）
「医療費控除」欄 → 計算した医療費控除額を記入
例：250,000円（25万円）
④課税所得金額の計算（第一表・下段）
所得金額の合計 − 所得控除の合計 ＝ 課税所得金額
3,460,000円 − （基礎控除480,000円 ＋ 社会保険料控除 ＋ 医療費控除250,000円 ＋ …）
⑤還付金額の確認
源泉徴収税額（源泉徴収票③） − 新たに計算した所得税額 ＝ 還付金額
医療費の明細書の書き方
医療費の明細書（書式：付表）は確定申告書に添付する書類です。以下の情報を1件ずつ記入します。
| 記入項目 | 記入内容の例 |
|---|---|
| 医療を受けた方の氏名 | 山田太郎（本人） |
| 病院・薬局等の名称 | ○○総合病院 |
| 医療費の区分 | 診療・治療 |
| 支払った医療費の額 | 200,000円 |
| 保険金等で補填された額 | 50,000円 |
e-Tax・確定申告書等作成コーナーを使う場合： 画面の案内に従って入力すれば、控除額の計算や記入が自動で行われます。領収書の原本は手元に5年間保管してください（税務署への提出は不要ですが、求められたときに提示できるようにしておく必要があります）。
申告できる医療費の範囲と注意点
医療費控除の対象になるもの（主な例）
- 病院・診療所での診察費・治療費・入院費
- 処方箋による薬代
- 歯科治療費（審美目的でなく治療目的のもの）
- 通院に要した交通費（電車・バス等の公共交通機関）
- 介護老人保健施設等の介護費用（一定のもの）
- 出産費用（入院・分娩費）
医療費控除の対象にならないもの（主な例）
- 健康診断・人間ドック費用（異常が発見され治療につながった場合を除く）
- 美容整形・ホワイトニング等の美容目的の治療
- 通院のためのタクシー代（緊急時・公共交通機関が使えない場合を除く）
- 市販の栄養ドリンク・健康食品
- 眼鏡・コンタクトレンズ代（治療目的でない一般的なもの）
注意： 生計を一にする家族（配偶者・子ども・両親など）の医療費もまとめて申告できます。家族全員の医療費を合算して10万円を超えるか計算しましょう。
税務調査対策：両方の控除を安全に申告するための記録管理
税務調査が行われるケース
医療費控除は比較的申告者が多い控除ですが、以下に該当する場合は税務署からの問い合わせや税務調査が行われる可能性があります。
- 申告した医療費控除額が極端に高額（数百万円規模）
- 毎年医療費控除を申告しており、申告額の増減が大きい
- 給与収入と申告内容に不整合が見られる
- e-Taxではなく紙での申告で明細書の記載が不明確
税務調査対策の5か条
① 領収書は最低5年間保管する
確定申告書の提出期限から5年間（更正請求も同様）
保管場所：自宅・クラウドストレージ（スキャンデータでも可）
② 医療費の明細書を正確に作成する
付表（医療費の明細書）は提出書類ですが、領収書はその根拠書類です。明細書の「支払医療費」と「保険金等で補填された額」が一致していることを確認してください。
③ 保険金等の補填額を忘れずに記入する
入院給付金・高額療養費の払い戻し・健康保険の療養費支給など、医療費に対して受け取ったお金はすべて差し引く必要があります。記入漏れは申告誤りになります。
④ 給与所得控除は「源泉徴収票の数字をそのまま転記する」と覚える
自分で給与所得控除額を計算して記入するのは誤りのもとです。源泉徴収票に記載された「給与所得控除後の金額」をそのまま使うことで、年末調整済みの正しい数字が反映されます。
⑤ 申告書の控えと添付書類をセットで保管する
保管セット：
・確定申告書（控え・受付印またはe-Tax送信完了通知）
・医療費の明細書（写し）
・源泉徴収票（原本）
・医療費の領収書（すべて）
・保険金等の支給通知書
間違えやすいポイントと対処法
| よくある間違い | 正しい対処法 |
|---|---|
| 医療費の合計を「収入ベース」の5%と比較してしまう | 「給与所得控除後の金額（総所得金額等）」の5%で判定する |
| 保険で補填された金額を差し引かずに申告する | 高額療養費・入院給付金は必ず引き算する |
| 美容目的の歯科治療を申告する | 治療目的か美容目的かを事前に医療機関に確認する |
| 家族の医療費を別々に申告しようとする | 生計を一にする家族は合算して一括申告する |
| 翌年以降の医療費を当年に含めて申告する | 対象は「その年の1月1日〜12月31日に支払った分」のみ |
セルフメディケーション税制との選択
医療費控除の特例として「セルフメディケーション税制」があります。通常の医療費控除とどちらか一方しか選べないため、有利な方を選ぶことが重要です。
2つの制度の比較
| 比較項目 | 通常の医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 控除対象 | 医療費全般 | 特定OTC医薬品の購入費 |
| 控除額の下限 | 10万円（または総所得の5%）超の部分 | 1.2万円超の部分 |
| 控除額の上限 | 200万円 | 8.8万円 |
| 健康診断等の実施 | 不要 | 必要（健診受診等が条件） |
選択のポイント： 病院での医療費が多い年は通常の医療費控除が有利。市販薬の購入が多く、健診等を受けている年はセルフメディケーション税制が有利になる場合があります。
住民税への影響も忘れずに確認
確定申告で医療費控除を申告すると、所得税だけでなく翌年度の住民税にも影響します。
住民税の軽減額 ＝ 医療費控除額 × 住民税率10%
例：医療費控除額が25万円の場合
25万円 × 10% ＝ 2.5万円の住民税が翌年度に軽減
住民税の通知書（6月頃に届く）に反映されているかどうかを確認しておくと安心です。なお、住民税については別途申告は不要で、確定申告の内容が市区町村へ自動連携されます。
よくある質問（FAQ）
Q1. 年末調整が済んでいる会社員でも確定申告で医療費控除を申告できますか？
はい、できます。年末調整では医療費控除の手続きを行うことができません。医療費が年間10万円（または総所得金額等の5%）を超えた場合は、翌年3月15日までに確定申告を行う必要があります。年末調整で給与所得控除が適用されていても、医療費控除の申告を行うことは問題ありません。
Q2. 給与所得控除は自分で計算して申告書に書く必要がありますか？
いいえ、必要ありません。源泉徴収票の「給与所得控除後の金額」欄に、年末調整で計算済みの給与所得額が記載されています。この数字をそのまま申告書第一表の「給与（所得金額）」欄に転記するだけでOKです。
Q3. 医療費の領収書は確定申告書に添付する必要がありますか？
令和2年分以降の申告から、医療費の明細書を添付（または入力）する方式に変わりました。領収書の添付は不要ですが、税務署から求められた場合に提示できるよう5年間は手元で保管してください。
Q4. 家族全員の医療費をまとめて一人が申告できますか？
はい、できます。生計を一にする配偶者・子ども・両親などの医療費は、まとめて一人の申告書に合算して申告できます。家族全員の医療費を合計してから10万円（または総所得金額等の5%）を差し引きます。なお、医療費を支払った者が申告する形が原則です。
Q5. 医療費控除と住宅ローン控除は一緒に申告できますか？
はい、できます。住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は税額控除であり、医療費控除（所得控除）とは種類が異なります。両方を同じ年に申告することは制度上問題ありません。確定申告書上でそれぞれの欄に記入します。
Q6. 医療費控除の申告期限はいつですか？
通常の確定申告の期限は翌年3月15日です。ただし、医療費控除のように還付を受けるための申告（還付申告）については、翌年1月1日から5年間申告が可能です。過去5年以内の医療費控除を申告していなかった場合は、遡って申告することで還付を受けられます。
Q7. e-Taxで申告する場合、医療費の明細書はどうすればいいですか？
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」から医療費の明細を入力し、電子送信（e-Tax）で提出できます。入力した内容が自動的に明細書として処理されます。領収書は電子送信する必要はありませんが、5年間保管が必要です。
まとめ：医療費控除と給与所得控除、正しい手順で確実に申告を
本記事のポイントを整理します。
- 医療費控除と給与所得控除は両方申告できる。二重申告や違反には一切ならない
- 計算順序は「給与所得控除→医療費控除」。給与収入から給与所得額を算出し、そこから医療費控除を差し引く
- 源泉徴収票の「給与所得控除後の金額」が申告書の出発点。自分で再計算する必要はない
- 医療費控除額の計算式は「支払医療費−補填額−10万円（または総所得の5%）」、上限200万円
- 税務調査に備えて領収書は5年間保管し、明細書も正確に記入する
- 住民税にも反映されるため、翌年の住民税通知書も確認する
年間の医療費が10万円を超えていれば、確定申告をするだけで数万円の還付が受けられる可能性があります。年末調整が済んでいても申告できますので、ぜひ本記事を参考に正確な申告に取り組んでください。医療費控除と給与所得控除の両方を正しく適用することで、あなたに本来還付されるべき税金を確実に取り戻しましょう。
本記事の情報は執筆時点の法令・制度に基づいています。税制改正により内容が変わる場合がありますので、最新情報は国税庁ウェブサイト（https://www.nta.go.jp/）または最寄りの税務署にてご確認ください。
