医療費控除といえば「年間10万円以上かかった人が使う制度」というイメージが定着しています。しかし、これは半分しか正しくありません。
実際には、年間の医療費が10万円を下回っていても申告できるケースが多く存在します。とくに、パートや年金受給者など所得が低い方にとっては、知らないと「数千円〜数万円の還付を受け損なっていた」ということになりかねません。
本記事では、医療費控除の正確な仕組みから、所得別の計算シミュレーション、さらにセルフメディケーション税制との比較まで、実際に申告を検討している方が迷わず行動できるよう徹底的に解説します。
医療費控除に「10万円の壁」はない？制度の正しい理解
10万円は「目安」にすぎない理由（所得税法の正確な規定）
多くの方が「医療費控除＝10万円超」と思い込んでいますが、所得税法上の正確な基準は異なります。
所得税法第73条によると、医療費控除の控除額は次の計算式で求められます。
控除額 = 実際に支払った医療費の合計 - 保険金等の補填額 - 基準額
そして、この「基準額」こそが重要なポイントです。
基準額 = 次のいずれか「低い方」
① 総所得金額等 × 5%
② 10万円
つまり、総所得金額が200万円未満の場合は「総所得×5%」が基準額となり、10万円より低くなります。
| 総所得金額 | 基準額（①と②の低い方） | 医療費いくらから控除可能？ |
|---|---|---|
| 200万円 | 10万円（①②同額） | 10万円超から |
| 180万円 | 9万円（①が低い） | 9万円超から |
| 150万円 | 7万5,000円 | 7万5,000円超から |
| 120万円 | 6万円 | 6万円超から |
| 100万円 | 5万円 | 5万円超から |
| 80万円 | 4万円 | 4万円超から |
この表を見ると、総所得が120万円の方は医療費が6万円を超えれば申告できることがわかります。「10万円かかっていないから関係ない」と思って申告をあきらめていた方の多くが、実は申告対象者である可能性が高いのです。
実は申告できる人はこんなに多い（見落とされやすい対象者）
「自分は対象外だろう」と思いやすいのに、実際には申告できるケースをご紹介します。
① パート・アルバイトで年収が少ない方
パートで年収103万円（給与所得控除55万円を差し引くと所得48万円）の方の場合：
基準額 = 48万円 × 5% = 2万4,000円
医療費が2万4,000円を超えれば申告できます。
② 年金受給者（65歳以上）
公的年金の所得は「公的年金等控除」を差し引いた後の金額が総所得になります。65歳以上で年金収入200万円の方であれば、公的年金等控除110万円を差し引いた90万円が総所得です。
基準額 = 90万円 × 5% = 4万5,000円
医療費が4万5,000円を超えれば申告できます。
③ 育児休業中・産休中の方
育休中は給与収入がゼロまたは大幅減となるため、総所得が非常に低くなります。復職前の年は基準額が低く、わずかな医療費でも申告対象になります。
④ 失業・転職による収入減少年
失業給付は非課税のため総所得に含まれません。失業期間が長かった年は総所得が激減し、基準額も大幅に下がります。
⑤ 障害・疾病で休職中の方
傷病手当金は非課税（健康保険からの給付）なので総所得に算入されません。医療費が多くかかる一方で所得が低くなるため、まさに「申告すべき対象者」です。
所得別・計算シミュレーション完全版
ケース①：パートタイム労働者（年収130万円）
前提条件
– 年収（給与収入）：130万円
– 給与所得控除：55万円（収入162.5万円以下は一律55万円）
– 給与所得（総所得金額）：75万円
– 医療費合計：8万円（保険補填なし）
– 所得税率：5%
計算式
基準額 = 75万円 × 5% = 3万7,500円
控除額 = 8万円 - 3万7,500円 = 4万2,500円
所得税還付額 = 4万2,500円 × 5% = 2,125円
住民税軽減額 = 4万2,500円 × 10% = 4,250円
合計節税効果 = 約6,375円
💡 「6,000円程度」でも、申告にかかる時間は1〜2時間程度。コストパフォーマンスは十分です。
ケース②：65歳以上の年金受給者（年金収入180万円）
前提条件
– 公的年金収入：180万円
– 公的年金等控除（65歳以上）：110万円（収入330万円以下）
– 年金所得（総所得金額）：70万円
– 医療費合計：7万5,000円（保険補填なし）
– 所得税率：5%
計算式
基準額 = 70万円 × 5% = 3万5,000円
控除額 = 7万5,000円 - 3万5,000円 = 4万円
所得税還付額 = 4万円 × 5% = 2,000円
住民税軽減額 = 4万円 × 10% = 4,000円
合計節税効果 = 約6,000円
⚠️ 年金受給者でも確定申告（または年金に係る確定申告）が必要です。申告不要制度を選択していても、医療費控除を受けるためには確定申告が必要な点に注意してください。
ケース③：給与所得者（年収250万円）＋通院費・歯科治療あり
前提条件
– 年収（給与収入）：250万円
– 給与所得控除：78万円（250万円×30%+8万円）
– 給与所得（総所得金額）：172万円
– 医療費合計：9万5,000円（保険補填なし）
– 所得税率：5%
計算式
基準額 = 172万円 × 5% = 8万6,000円
控除額 = 9万5,000円 - 8万6,000円 = 9,000円
所得税還付額 = 9,000円 × 5% = 450円
住民税軽減額 = 9,000円 × 10% = 900円
合計節税効果 = 約1,350円
💡 節税額は少額ですが、翌年の住民税が確実に下がります。特に非課税世帯ギリギリの方は、住民税非課税認定に影響することがあるため、申告の意義は大きいです。
ケース④：医療費が多い世帯（子ども・配偶者分も合算）
重要：医療費控除は生計を一にする家族の医療費を合算できます。
前提条件
– 世帯主（申告者）の総所得：160万円
– 医療費の内訳
– 本人の通院費：3万円
– 配偶者の歯科治療：2万円
– 子どもの入院費：3万円
– 合計：8万円
基準額 = 160万円 × 5% = 8万円
控除額 = 8万円 - 8万円 = 0円（控除なし）
この場合は残念ながら控除不可。しかし、医療費が8万1,000円になれば：
控除額 = 8万1,000円 - 8万円 = 1,000円
わずかでも控除が発生します。
💡 家族分をまとめて申告できるため、家族の中で最も所得が低い人が申告者になるよう調整すると有利になる場合があります。所得が低い人ほど基準額（総所得×5%）が小さくなるからです。
セルフメディケーション税制との比較・どちらが得か
セルフメディケーション税制の基本ルール
セルフメディケーション税制（医療費控除の特例）は、市販薬（OTC医薬品）の購入費用を控除できる制度です。
控除額 = 対象OTC医薬品の購入費 - 1万2,000円（上限：8万8,000円）
適用条件
1. 健康の維持・増進・疾病の予防に取り組んでいること（健康管理要件）
2. 対象となるスイッチOTC医薬品を年間1万2,000円超購入していること
健康管理要件を満たすもの（例）
– 特定健康診査（メタボ健診）
– 定期健康診断（会社の健康診断）
– 人間ドック
– 予防接種（インフルエンザワクチン等）
– がん検診
⚠️ 医療費控除との選択制です。両方を同時に利用することはできません。いずれか有利な方を選んで申告します。
どちらが有利？判断フローチャート
以下の順番で判断してください。
STEP 1：通常の医療費（病院・薬局の処方薬等）の合計を計算
↓
STEP 2：総所得 × 5% と10万円のいずれか低い方（基準額）を計算
↓
STEP 3：医療費 > 基準額なら→「通常の医療費控除」を検討
↓
STEP 4：医療費 ≦ 基準額なら→「セルフメディケーション税制」を検討
↓
STEP 5：スイッチOTC医薬品の購入額が1万2,000円超か確認
↓
STEP 6：両制度で「控除額」を試算し、控除額が大きい方を選択
具体的な比較事例
前提
– 総所得：100万円（基準額＝5万円）
– 病院での医療費：4万円
– スイッチOTC医薬品購入費：2万5,000円
通常の医療費控除の場合
医療費合計 = 4万円
4万円 < 基準額5万円 → 控除額 = 0円（申告不可）
セルフメディケーション税制の場合
OTC購入費 = 2万5,000円
控除額 = 2万5,000円 - 1万2,000円 = 1万3,000円
所得税還付 = 1万3,000円 × 5% = 650円
住民税軽減 = 1万3,000円 × 10% = 1,300円
合計節税効果 = 約1,950円
➡️ この場合はセルフメディケーション税制の方が有利です。
⚠️ セルフメディケーション税制を選択するには「健康管理要件」の証明が必要です。健康診断の結果通知書や予防接種の領収書・証明書を必ず保管しておいてください。
医療費控除の対象となる費用・ならない費用
対象になる主な医療費
| 種類 | 具体例 | 備考 |
|---|---|---|
| 診療費・治療費 | 診察料、入院費、手術費 | 保険診療・自由診療ともに対象 |
| 医薬品 | 医師処方の薬、市販薬（治療目的） | 市販薬は治療目的のものに限る |
| 通院交通費 | 電車・バス代 | 自家用車のガソリン代・駐車場代は原則不可 |
| 歯科治療 | 虫歯治療、矯正（医療目的） | 審美目的の矯正は不可 |
| 不妊治療 | 体外受精、顕微授精など | 2022年から保険適用も対象 |
| 介護サービス | 医療に関連する介護費用 | 一部のみ対象。要確認 |
| 医療用器具 | 松葉杖、義肢、コルセット | 治療目的のものに限る |
| 出産費用 | 分娩費、入院費 | 出産育児一時金は差し引く |
対象にならない主な費用
| 種類 | 理由 |
|---|---|
| 健康増進目的のサプリメント | 治療目的でないため |
| 美容整形 | 医療目的でないため |
| 予防目的の人間ドック（異常なし） | 異常が発見された場合は対象 |
| 医療保険の保険料 | 社会保険料控除で別途申告 |
| メガネ・コンタクトレンズ代 | 治療用を除き対象外 |
| 医療ローンの手数料・利息 | 金融費用のため |
💡 判断に迷う場合のポイント：「治療目的か否か」が基本的な判断基準です。医師に処方・指示されたものはほぼ対象になります。
申請の手順とスケジュール
必要書類一覧
通常の医療費控除の場合
| 書類名 | 入手先・備考 |
|---|---|
| 確定申告書（A様式またはB様式） | 国税庁HPまたは税務署で入手 |
| 医療費控除の明細書 | 国税庁HPのフォームを使用 |
| 源泉徴収票（給与所得者） | 勤務先から1月中旬ごろ発行 |
| 医療費の領収書 | 5年間の保管義務あり（提出不要、保管のみ） |
| マイナンバーカードまたは通知カード | 本人確認用 |
| 振込先口座情報 | 還付金受け取り用 |
⚠️ 2019年分以降、領収書の提出は不要になりましたが、5年間の保管義務があります。税務署から求められた場合に提出できるよう自宅で保管してください。
セルフメディケーション税制の場合（追加書類）
| 書類名 | 備考 |
|---|---|
| セルフメディケーション税制の明細書 | 国税庁HPのフォームを使用 |
| 健康管理要件の証明書類 | 健康診断結果通知書、予防接種証明書など |
| 対象OTC医薬品のレシート・領収書 | 5年間保管 |
申告スケジュールと期限
【通常の確定申告】
申告期間：翌年2月16日〜3月15日
（例：2024年分の医療費 → 2025年2月16日〜3月15日）
【還付申告】医療費控除のみを申告する場合
申告期間：翌年1月1日〜5年間
（2024年分 → 2025年1月1日〜2029年12月31日）
※医療費控除は「還付申告」に該当するため、確定申告期間前でも申告可能！
💡 医療費控除のみの申告であれば、1月から申告できます。2月中旬以降は税務署が混雑するため、早めに申告するとスムーズです。また、過去5年分をまとめて申告することも可能です（時効が5年）。
e-Tax（電子申告）での申請手順
e-Taxを使えば税務署に出向かずに申告できます。
-
国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
（https://www.keisan.nta.go.jp/） -
「作成開始」→「所得税」を選択
-
給与所得・公的年金等の情報を入力
（源泉徴収票の内容をそのまま転記） -
「医療費控除」の項目で「医療費控除の明細書」を作成
- 医療機関名・支払金額・補填金額を入力
-
家族分も忘れずに合算入力
-
控除額・還付金額が自動計算される
-
マイナンバーカード（またはID・パスワード方式）で送信
住民税への効果も見逃さない
医療費控除は所得税の還付だけでなく、翌年度の住民税の軽減にも直結します。
住民税の軽減額 = 医療費控除額 × 10%（住民税率）
所得税の還付が数百円でも、住民税の軽減まで含めると節税効果は1.5〜3倍になります。
また、住民税非課税世帯の境界線付近にいる方にとっては、医療費控除によって住民税が非課税になれば、国民健康保険料の軽減や各種給付金の受給資格が得られる可能性があります。単純な還付金額以上に、制度的なメリットが大きい場合があります。
年末調整との関係・注意点
給与所得者の方が医療費控除を受けるには、年末調整ではなく確定申告が必要です。年末調整で医療費控除を受けることはできません。
確定申告が初めての方向けポイント
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 申告書の種類 | 給与所得者は「確定申告書A（第一表・第二表）」 |
| 医療費の集計 | 「医療費控除の明細書」に記載して計算 |
| 添付書類 | 源泉徴収票（必要）、領収書（保管のみ） |
| 申告先 | 住所地の管轄税務署（e-Taxなら自宅から送信可） |
💡 一度確定申告をすると翌年以降も申告書が送付されてくる場合があります。医療費控除のみの申告であれば、確定申告書等作成コーナーの「給与・年金等」から簡単に作成できます。
よくある質問（FAQ）
Q1. 医療費が少なくて控除額がゼロになりそうです。それでも申告したほうがいいですか？
A. 控除額がゼロであれば申告しても税の軽減はありません。まず「総所得×5%」と「10万円」のうち低い方（基準額）を計算し、医療費が基準額を超えているかどうかを確認してください。超えていなければ申告しても意味はありません。
Q2. 家族の医療費もまとめて申告できますか？
A. はい。生計を一にしている家族（同居・別居を問わず仕送りをしている場合を含む）の医療費はまとめて申告できます。家族の中で所得が最も低い人を申告者にすると、基準額（総所得×5%）が小さくなり、控除できる金額が増えます。
Q3. 医療費の領収書を紛失してしまいました。申告できませんか？
A. 医療機関に再発行を依頼するか、健康保険組合から「医療費のお知らせ（医療費通知）」を取り寄せる方法があります。「医療費通知」を利用すれば明細書への記載を簡略化できますが、通知に記載のない費用（差額ベッド代・交通費等）は別途記載が必要です。なお、2019年以降、領収書の提出は不要になりましたが、保管義務は5年間あります。
Q4. セルフメディケーション税制の「スイッチOTC医薬品」かどうか、どうやって判断しますか？
A. ドラッグストアのレシートに「★」などのマークが付いているものや、商品パッケージに「セルフメディケーション税制対象」と表記されているものが該当します。また、厚生労働省のHPに対象品目リストが公表されています。迷う場合は薬剤師に確認するか、国税庁のHPで照合してください。
Q5. 確定申告を過去にしたことがありません。遡って申告できますか？
A. 過去5年分の医療費控除を遡って申告できます（還付申告の場合）。たとえば、2025年に申告するなら2020年分まで遡ることが可能です。各年分の源泉徴収票と医療費の領収書（または通知書）が必要になります。年をまたいで申告する場合は年ごとに申告書を作成します。
Q6. 医療費控除を申告すると、翌年の住民税はどれくらい変わりますか？
A. 医療費控除額の10%が住民税の軽減額となります。たとえば控除額が5万円であれば、翌年の住民税が5,000円減少します。所得税の還付金が少額でも、住民税の軽減効果と合算すると節税効果は1.5〜2倍になります。
まとめ：10万円以下でも申告が「得」になる人のチェックリスト
以下の項目に1つでも当てはまれば、申告を検討する価値があります。
- [ ] 総所得金額（年収ではなく「所得」）が200万円未満である
- [ ] パート・アルバイト・年金収入が主な収入源である
- [ ] 育児休業中・産休中・失業中で収入が激減した年がある
- [ ] 同居または生計を一にする家族の医療費も合算できる
- [ ] スイッチOTC医薬品を年間1万2,000円以上購入しており、健康診断も受けている（セルフメディケーション税制を検討）
- [ ] 過去5年以内に医療費が多くかかった年があるのに申告していない
制度を最大限活用するための3つのアクション
-
今すぐ「総所得 × 5%」を計算する
源泉徴収票の「給与所得控除後の金額」が概算の総所得です。その5%と10万円を比較し、基準額を把握しましょう。 -
領収書・レシートを今日から保管する
医療費の領収書、OTC医薬品のレシート、健康診断の結果通知書を1カ所にまとめて保管する習慣をつけましょう。封筒やファイルに「医療費20XX年」と書いて入れるだけで十分です。 -
e-Taxで試算してみる
国税庁の確定申告書等作成コーナーは「作成途中で保存→試算のみ」という使い方もできます。実際に数字を入れてみると、還付金額がすぐにわかります。「ゼロになったら送信しなければいい」と気軽に試してみてください。
免責事項：本記事は2024年時点の法令・制度に基づいて作成しています。税制は改正される場合があります。具体的な申告については、税務署または税理士にご相談ください。
