配偶者控除と医療費控除は同時に申請できます。この一文を最初に明言します。
「どちらか一方しか使えない」「同時申請すると得をしすぎるから禁止されているのでは？」という誤解を持つ方は少なくありません。しかし両者はまったく独立した制度であり、確定申告で一緒に申請することで二重の節税効果が得られます。
ただし、一つ重要な注意点があります。所得税率は課税所得によって5〜45%まで変動するため、同じ控除額でも還付金額が人によって大きく異なります。さらに、配偶者控除を先に適用することで課税所得が下がり、医療費控除の節税効果が変化するケースもあります。
この記事では、配偶者控除と医療費控除の同時申請の仕組みから、所得税率別の還付額シミュレーション、確定申告の手順まで、実例を交えて徹底解説します。
配偶者控除と医療費控除は同時に使える？まず結論から
2つの控除はそれぞれ独立した制度
配偶者控除は所得税法第83条、医療費控除は所得税法第73条に根拠を持つ、それぞれ独立した所得控除制度です。
所得税法上、所得控除には以下のような種類があります。
| 控除の種類 | 根拠条文 | 適用条件の主軸 |
|---|---|---|
| 医療費控除 | 所得税法第73条 | 支払った医療費の実額 |
| 配偶者控除 | 所得税法第83条 | 配偶者の合計所得金額 |
| 扶養控除 | 所得税法第84条 | 扶養親族の合計所得金額 |
| 基礎控除 | 所得税法第86条 | 納税者本人の合計所得金額 |
これらは「どれかを使ったら他が使えない」という排他的な関係にはありません。確定申告書の所得控除欄には、それぞれの控除額を並べて記載し、すべてを合算して課税所得を計算します。
同時適用で「二重節税」が狙える仕組み
控除の仕組みを図解すると、次のように所得からの差し引きが積み重なります。
給与収入（例：600万円）
↓ 給与所得控除（−164万円）
給与所得：436万円
↓ 社会保険料控除（−60万円）
↓ 基礎控除（−48万円）
↓ 配偶者控除（−38万円）← ここで課税所得が下がる
↓ 医療費控除（−30万円）← さらに課税所得が下がる
課税所得：256万円
二つの控除をどちらも適用することで、課税所得を最大限に圧縮できます。これが「二重節税」と呼ばれる仕組みです。
ただし、課税所得が下がると適用される所得税率も下がる可能性があるため、医療費控除による還付額が予想より少なくなるケースがあります。この「税率ステージの変動」こそが、この記事で最も重要なポイントです。
所得税率の仕組みと税率ステージ
日本の所得税は「超過累進課税」
日本の所得税は、課税所得が高いほど高い税率が適用される超過累進課税です。一定の金額を超えた部分にのみ高い税率が適用されます。
| 課税所得 | 税率 | 控除額 |
|---|---|---|
| 195万円以下 | 5% | 0円 |
| 195万円超〜330万円以下 | 10% | 97,500円 |
| 330万円超〜695万円以下 | 20% | 427,500円 |
| 695万円超〜900万円以下 | 23% | 636,000円 |
| 900万円超〜1,800万円以下 | 33% | 1,536,000円 |
| 1,800万円超〜4,000万円以下 | 40% | 2,796,000円 |
| 4,000万円超 | 45% | 4,796,000円 |
（出典：国税庁「所得税の税率」2025年版）
税率ステージとは何か
税率ステージとは、課税所得がどの税率帯に属するかを指します。たとえば課税所得が350万円であれば「20%ステージ」です。
重要なのは、控除によって課税所得が「ステージをまたいで下がる」場合に還付額の計算が複雑になる点です。
たとえば課税所得が200万円（税率10%）の人が、控除によって課税所得が190万円（税率5%）に下がる場合、控除のうち「195万円〜200万円」の5万円分は10%での計算となり、「190万円〜195万円」の5万円分は5%で計算されます。
所得税率別：還付額シミュレーション
ここからは具体的な数値を使った還付額のシミュレーションを示します。前提条件は以下のとおりです。
シミュレーション前提条件
– 納税者：会社員で給与収入のみ
– 配偶者の合計所得：48万円以下（配偶者控除の対象）
– 支払医療費：50万円（家族全員分の合計）
– 保険金等の補填：0円
医療費控除額の基本計算式：
医療費控除額 ＝（支払医療費合計 − 保険金等の補填額）− 10万円
（合計所得金額が200万円未満の場合は「合計所得金額 × 5%」を差し引く）
※上限200万円
今回は支払医療費50万円から10万円を引いた医療費控除額：40万円を前提とします。
ケース①：課税所得330万円（税率10%→20%の境界線）
基本情報
– 給与収入：約600万円
– 配偶者控除前の課税所得：330万円（ちょうど20%ステージの境界）
配偶者控除適用後
配偶者の年齢が70歳未満の場合、納税者の合計所得金額が900万円以下であれば配偶者控除額は38万円です。
330万円 − 38万円 = 292万円（課税所得）→ 税率10%ステージ
注意：ここで税率ステージが20%→10%に下がっています。
医療費控除適用後
292万円 − 40万円 = 252万円（最終課税所得）→ 税率10%ステージ
還付額の計算
| 段階 | 課税所得 | 所得税額 |
|---|---|---|
| 控除前（330万円） | 330万円 | 330万円×10%−97,500円＝232,500円 |
| 配偶者控除後（292万円） | 292万円 | 292万円×10%−97,500円＝194,500円 |
| 医療費控除後（252万円） | 252万円 | 252万円×10%−97,500円＝154,500円 |
還付額（概算）＝ 232,500円 − 154,500円 ＝ 78,000円
うち配偶者控除分：38,000円
うち医療費控除分：40,000円
（いずれも税率10%で計算）
⚠️ポイント：税率ステージをまたいだため医療費控除の還付効率が下がった
もし配偶者控除を適用しなかった場合、医療費控除40万円は20%の税率で計算されるため還付額は80,000円になります。配偶者控除を先に適用したことで課税所得が10%ステージに落ちたため、医療費控除の還付額が80,000円→40,000円に半減しました。
ただし配偶者控除による節税（38,000円）を合算すると合計78,000円となり、これは医療費控除のみの申請と比較しても最適な節税となります。
ケース②：課税所得500万円（税率20%ステージ内）
基本情報
– 給与収入：約750万円
– 配偶者控除前の課税所得：500万円（20%ステージ内）
各控除適用後の課税所得
500万円 − 38万円（配偶者控除）− 40万円（医療費控除）= 422万円
この場合、課税所得は500万円→422万円に下がりますが、どの段階でも20%ステージ内に留まります。
還付額の計算
控除前所得税：500万円 × 20% − 427,500円 ＝ 572,500円
控除後所得税：422万円 × 20% − 427,500円 ＝ 412,500円
還付額 ＝ 572,500円 − 412,500円 ＝ 160,000円
うち配偶者控除分：38万円 × 20% ＝ 76,000円
うち医療費控除分：40万円 × 20% ＝ 80,000円
✅このケースは税率ステージをまたがないため、両控除ともフルに効果を発揮します。
ケース③：課税所得700万円（税率23%→20%への変動）
基本情報
– 給与収入：約1,000万円
– 課税所得：700万円（23%ステージ）
各控除適用後
700万円 − 38万円（配偶者控除）− 40万円（医療費控除）= 622万円
622万円は695万円以下なので、20%ステージになります。
還付額の計算（ステージをまたぐ場合）
控除前所得税：700万円 × 23% − 636,000円 ＝ 974,000円
控除後所得税：622万円 × 20% − 427,500円 ＝ 812,500円
還付額 ＝ 974,000円 − 812,500円 ＝ 161,500円
単純に23%で計算した場合の概算（78万円×23%＝179,400円）より少なくなります。これもステージをまたいだことによる影響です。
所得税率別・還付額一覧表（医療費控除40万円＋配偶者控除38万円の場合）
| 課税所得（控除前） | 税率 | 配偶者控除による還付 | 医療費控除による還付 | 合計還付額 |
|---|---|---|---|---|
| 150万円 | 5% | 19,000円 | 20,000円 | 39,000円 |
| 300万円 | 10% | 38,000円 | 40,000円 | 78,000円 |
| 500万円 | 20% | 76,000円 | 80,000円 | 156,000円 |
| 700万円 | 23%→20% | 約72,000円 | 約80,000円 | 約152,000円 |
| 1,000万円 | 33% | 125,400円 | 132,000円 | 257,400円 |
※税率ステージをまたぐケースは概算値。住民税（一律10%）の還付は別途加算されます。
住民税の還付も忘れずに
医療費控除は所得税だけでなく住民税（一律10%）にも影響します。医療費控除40万円であれば、住民税分として翌年度の住民税が40,000円減額されます（配偶者控除も同様に住民税に影響します）。
配偶者控除の基礎知識と適用条件
2025年時点の配偶者控除の要件
配偶者控除を申請するには、以下のすべての条件を満たす必要があります。
| 要件 | 内容 |
|---|---|
| 婚姻関係 | 法律上の配偶者であること（内縁関係は不可） |
| 配偶者の合計所得金額 | 48万円以下（給与収入のみなら103万円以下） |
| 生計を一にする | 同一家計で生活していること |
| 納税者の合計所得金額 | 1,000万円以下 |
| 青色事業専従者でない | 青色申告の専従者給与を受けていないこと |
納税者の所得による控除額の変動
配偶者控除額は納税者自身の合計所得金額によっても変わります。
| 納税者の合計所得金額 | 控除額（配偶者70歳未満） | 控除額（配偶者70歳以上） |
|---|---|---|
| 900万円以下 | 38万円 | 48万円 |
| 900万円超〜950万円以下 | 26万円 | 32万円 |
| 950万円超〜1,000万円以下 | 13万円 | 16万円 |
| 1,000万円超 | 適用なし | 適用なし |
配偶者の所得が48万円を超えて133万円以下の場合は、配偶者特別控除（最大38万円）に切り替わります。
医療費控除の基礎知識と対象費用
誰の医療費が対象になるか
医療費控除は、納税者本人と生計を一にする配偶者・その他の親族の医療費が対象です。配偶者が専業主婦・主夫で収入がほとんどない場合でも、その医療費は申請者（納税者）の医療費控除に含めることができます。
| 対象者 | 要件 |
|---|---|
| 納税者本人 | 常に対象 |
| 配偶者 | 生計を一にすれば対象（所得要件なし） |
| 子ども・親など親族 | 生計を一にし、所得が一定以下 |
対象となる主な医療費
✅ 医療費控除の対象
- 医師・歯科医師による診療・治療費
- 処方薬・市販薬（治療目的のもの）
- 入院費（食事代含む）・手術費
- 不妊治療・人工授精・体外受精
- 歯列矯正（治療目的、子どもの歯並び矯正含む）
- がん治療（抗がん剤・放射線治療）
- リハビリ費用
- 通院交通費（電車・バス等公共交通機関、領収書必須）
- 補聴器（医師の診断書がある場合）
- 義手・義足・松葉杖などの医療用器具
❌ 対象外の費用
- 健康診断・人間ドック（ただし検査で疾患発見後に治療した場合は対象）
- 美容目的の手術（審美歯科・美容整形など）
- ビタミン剤・サプリメント（医師指示なし）
- 眼鏡・コンタクトレンズ（治療目的でない場合）
- 予防接種費用（一般的なケース）
医療費控除額の計算式
医療費控除額 ＝（年間支払医療費 − 保険金等の補填額）− 10万円
合計所得金額が200万円未満の場合は、10万円の代わりに「合計所得金額 × 5%」を差し引きます。
上限：200万円
計算例：
支払医療費：50万円
補填保険金：5万円
控除額 ＝（50万円 − 5万円）− 10万円 ＝ 35万円
確定申告の手順：配偶者控除＋医療費控除を同時申請する方法
STEP 1：必要書類を揃える
同時申請に必要な書類は以下のとおりです。
共通書類
– マイナンバーカードまたは通知カード＋本人確認書類
– 源泉徴収票（勤務先から発行）
– 確定申告書（A様式またはB様式、2024年分から第一表・第二表に統一）
医療費控除用
– 医療費控除の明細書（国税庁フォーマット、または医療費通知書）
– 領収書（明細書作成後は5年間保管義務あり、提出不要）
– 公共交通機関の利用記録（通院交通費申請時）
配偶者控除用
– 配偶者のマイナンバー（申告書に記載）
– 配偶者の所得証明書または源泉徴収票（必要に応じて）
e-Taxなら領収書の提出不要
電子申告（e-Tax）を利用すれば、医療費の領収書を税務署に提出する必要はありません。ただし、5年間の自宅保管が義務付けられています。
STEP 2：医療費控除の明細書を作成する
医療費控除の明細書は、国税庁の確定申告書等作成コーナーで入力・作成できます。
記載項目：
1. 医療を受けた人の氏名
2. 病院・薬局等の名称
3. 医療費の区分（診療費・薬代・通院交通費など）
4. 支払った金額
5. 保険金等で補填された金額
健保組合などから届く医療費通知書（いわゆる「医療費のお知らせ」）を使えば、明細書の一部を省略できます。
STEP 3：確定申告書に記載する
確定申告書の所得控除欄に、それぞれの控除額を記入します。
| 控除の種類 | 記載箇所 | 記載金額 |
|---|---|---|
| 医療費控除 | 第一表「所得から差し引かれる金額」欄 | 計算後の控除額（上限200万円） |
| 配偶者控除 | 第一表「所得から差し引かれる金額」欄 | 38万円（条件による） |
STEP 4：申告・提出する
申告期間：翌年2月16日〜3月15日（還付申告のみの場合は1月1日から申告可能）
提出方法：
– e-Tax（電子申告）：マイナンバーカード＋スマートフォンまたはICカードリーダーで自宅から申告
– 税務署への持参・郵送：印刷した申告書類を提出
還付申告は5年間さかのぼれます
確定申告の義務がない給与所得者でも、医療費控除・配偶者控除の還付を受けるための還付申告は過去5年分まで申請可能です。たとえば2025年中に2020年分を申請することができます。ただし年をさかのぼるほど手続きが煩雑になるため、毎年申請することをおすすめします。
STEP 5：還付金の受取
申告から約1〜2ヶ月後に、指定口座に還付金が振り込まれます。e-Taxを利用すると処理が早く、3週間程度で還付されることが多いです。
申請時の注意点とよくある落とし穴
注意点① 医療費の領収書は5年間保管
医療費控除の明細書を提出すれば、個々の領収書は提出不要です。ただし税務署から求められた場合に備え、5年間は自宅で保管してください。
注意点② 配偶者の医療費は申請者の控除に含める
専業主婦・主夫である配偶者が医療費を支払った場合、その費用は収入のある配偶者（納税者）の医療費控除に含めて申請します。収入のない配偶者が単独で医療費控除を申請しても、課税所得がないため還付金は発生しません。
注意点③ 年末調整では医療費控除は申請できない
配偶者控除は年末調整で申請できますが、医療費控除は必ず確定申告が必要です。医療費控除のために確定申告を行う場合は、配偶者控除も同じ確定申告で申請してください。年末調整で配偶者控除を受けた場合は重複しないよう注意が必要です。
注意点④ 高額療養費との調整
健康保険の高額療養費として受け取った補填金は、医療費控除の計算で差し引く必要があります。
医療費控除額 ＝（支払医療費 − 高額療養費補填額）− 10万円
高額療養費を申請前に医療費控除を計算すると過大申告になるため、先に高額療養費の支給額を確認してください。
注意点⑤ セルフメディケーション税制との選択
市販薬（OTC医薬品）の購入費を控除したい場合、セルフメディケーション税制（特定一般用医薬品等購入費の控除）という選択肢もあります。ただし、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は同年に併用できません。支払った医療費の総額が10万円を超える場合は通常の医療費控除が有利なケースがほとんどです。
「どちらの申告者が得か」を判断するポイント
夫婦共働きの場合、どちらが医療費控除を申請したほうが得かという問いも重要です。
基本原則：所得税率の高い人が申請する
医療費控除の還付額は「控除額 × 適用税率」で決まるため、税率の高い人（＝収入の多い人）が申請するほうが還付額が大きくなります。
| 申請者 | 課税所得 | 税率 | 医療費控除40万円の還付額 |
|---|---|---|---|
| 配偶者A | 700万円 | 23% | 約80,000〜92,000円 |
| 配偶者B | 200万円 | 10% | 40,000円 |
この例では配偶者Aが申請したほうが約2倍の還付が見込めます。
なお、家族の医療費を誰が実際に支払ったかという点も重要です。「生計を一にする家族の医療費を、収入のある家族がまとめて負担した」という実態が必要です。
よくある質問（FAQ）
Q1. 配偶者が働いていて収入がある場合でも配偶者控除は使えますか？
配偶者の合計所得金額が48万円以下（給与収入のみなら103万円以下）であれば配偶者控除が使えます。それを超えて133万円以下であれば、配偶者特別控除（最大38万円）が段階的に適用されます。
Q2. 共働き夫婦で子どもの医療費が多い場合、どちらが申請すべきですか？
所得税率の高いほう（収入の多いほう）が申請するのが基本です。 ただし、配偶者控除を申請している側が医療費控除も申請すると、先述のとおり課税所得の低下により税率ステージが変わる場合があるため、双方の課税所得を確認したうえで判断してください。
Q3. 医療費控除の申請に領収書の原本は必要ですか？
提出は不要です。「医療費控除の明細書」を作成・提出すれば申請できます。ただし領収書は5年間の自宅保管が必要で、税務署から提出を求められた場合に対応できるようにしておく必要があります。
Q4. 過去の医療費に遡って申請できますか？
給与所得者で確定申告の義務がなかった場合、還付申告として過去5年分まで申請可能です。たとえば2025年中に2020年分の医療費控除を申請することができます。ただし年をさかのぼるほど手続きが煩雑になるため、毎年申請することをおすすめします。
Q5. 医療費控除と配偶者控除を同時申請すると税務調査されやすくなりますか？
適切な控除の申請は税法上の正当な権利であり、同時申請によって税務調査リスクが上がることはありません。ただし、医療費の領収書や配偶者の所得証明書は適切に保管しておき、求められた場合に提示できる状態にしておくことが重要です。
Q6. 住民税への影響はどのくらいありますか？
医療費控除は住民税（一律10%）にも影響します。医療費控除額が40万円の場合、翌年の住民税は40,000円減額されます。配偶者控除の住民税への影響額は自治体によって異なりますが、概ね33万円×10%＝33,000円程度の減額が見込めます。所得税の還付とは別に、住民税の減額効果も総合的に考慮することが重要です。
申告前に確認しておくべき重要ポイント
配偶者控除と配偶者特別控除の違い
配偶者の所得が48万円を超える場合でも、133万円以下なら配偶者特別控除（段階的に最大38万円）が適用される可能性があります。
| 配偶者の合計所得金額 | 納税者が受けられる控除 | 控除額の上限 |
|---|---|---|
| 48万円以下 | 配偶者控除 | 38万円（または48万円） |
| 48万円超〜133万円以下 | 配偶者特別控除 | 最大38万円（段階的） |
| 133万円超 | 適用なし | 0円 |
