医療費控除と会社の医療費補助を併用する計算方法【確定申告版】

会社から医療費補助（福利厚生）を受けている場合、「確定申告で医療費控除も申請できるの？」と迷う方は多いです。結論からいえば、両方を同時に受けることは可能です。ただし、補助金額を正しく差し引かなければ、過大申告となりペナルティのリスクがあります。

この記事では、所得税法に基づいた法的根拠・計算式・実例・申請手順まで、確定申告前に必要な情報をすべて網羅します。医療費補助と医療費控除の関係を正しく理解し、最大限の還付を受けるための完全ガイドです。

医療費控除と企業の医療費補助は「同時に受けられる？」まず結論を確認

よくある誤解「二重取り」にあたらないの？

「会社から医療費の補助をもらったうえで、さらに確定申告で税金を取り戻すのは二重取りではないか」と心配する方が少なくありません。しかし、これは二重取りにはあたりません。

法的根拠は所得税法第73条です。同条は「医療費控除の金額は、実際に支払った医療費から、保険金等で補填された金額を差し引いた後の金額を基礎として計算する」という仕組みを定めています。つまり、法律自体が「補助金を受け取っても医療費控除を申請してよい。ただし補助額は必ず差し引け」という設計になっているのです。

二重取りを防ぐのは「差し引き計算」であり、差し引いたうえで10万円を超える部分があれば控除を受けるのは正当な権利です。

同時受給できるケース・できないケース

補助の種類によって、取り扱いが異なります。以下の表を確認してください。

企業補助の種類	税務上の取扱い	医療費控除への影響
医療費見舞金（慶弔規程に基づく）	非課税（社会通念上相当額）	補助額を差引必須
健康保険組合の付加給付	非課税	補助額を差引必須
定額医療費補助（福利厚生）	非課税 or 給与課税	補助額を差引必須
健康診断費用の全額補助	非課税	そもそも控除対象外
予防接種費用補助	非課税	そもそも控除対象外
医療費実費の全額補助（給与扱い）	給与課税	補助額を差引必須

重要なポイントは次の2点です。

補助が非課税であっても課税であっても、差し引き計算は必須
健康診断・予防接種への補助は、医療費控除の対象外費用への補助なので計算に影響しない

「うちの会社の医療費補助が非課税か給与課税かわからない」という場合は、会社の給与担当部署または健康保険組合に確認してください。源泉徴収票の「支給額」に含まれているかどうかでも判断できます。

計算の基本ルールと控除額の求め方

医療費控除の基本計算式

医療費控除の控除額を求める計算式は次のとおりです。

控除額 = (1年間に支払った医療費合計 − 保険金等で補填された金額) − 10万円※

※ 合計所得金額が200万円未満の場合は「合計所得金額 × 5%」

「保険金等で補填された金額」には、以下が含まれます。

生命保険・医療保険の給付金・入院給付金
健康保険から支給される高額療養費・付加給付
企業の医療費補助・医療費見舞金
損害保険からの給付金

企業の医療費補助は、この「保険金等で補填された金額」に該当するため、必ず差し引く必要があります。

補助金差し引きの具体的な計算手順

【計算例①：入院費に会社補助がある場合】

項目	金額
年間医療費合計（家族全員）	450,000円
健康保険の高額療養費	−80,000円
会社の医療費見舞金	−50,000円
差し引き後の医療費	320,000円
10万円を超える部分（控除額）	220,000円

この220,000円が医療費控除額となり、所得から差し引かれます。

還付税額の計算：

還付税額 = 控除額 × 所得税率

（例）所得税率20%の場合：220,000円 × 20% = 44,000円の還付

さらに住民税も翌年度に軽減されます。

住民税軽減額 = 控除額 × 10%
（例）220,000円 × 10% = 22,000円の住民税軽減

合計で約66,000円の税負担軽減となります。

【計算例②：会社補助が医療費を上回る場合】

項目	金額
年間医療費合計	120,000円
健康保険の付加給付	−30,000円
会社の医療費補助	−100,000円
差し引き後の医療費	−10,000円 → 0円として扱う

このように差し引き後がマイナスになった場合、控除対象は0円です。医療費控除を申請することはできません。また、マイナス分を翌年に繰り越すこともできないため注意してください。

【計算例③：補助が特定の医療費にのみ紐づく場合】

企業補助が「入院費のみ補助」「特定の疾患のみ補助」という制度設計の場合、補助金はその対象となった医療費からのみ差し引くのが原則です。他の医療費（通院費・歯科治療費など）から差し引く必要はありません。

項目	金額
入院費	300,000円
通院費・歯科治療費	120,000円
年間医療費合計	420,000円
会社の入院補助金（入院費に対応）	−100,000円
差し引き後の医療費合計	320,000円
控除額（−10万円）	220,000円

合計所得金額が200万円未満の方の特例

合計所得金額が200万円未満の場合、差し引きの基準額が「10万円」ではなく「合計所得金額 × 5%」に変わります。これにより控除のハードルが下がります。

例）合計所得金額150万円の場合：

基準額 = 1,500,000円 × 5% = 75,000円

控除額 = (差し引き後の医療費) − 75,000円

年金受給者・パートタイム労働者・育休中の方など、所得が低い年は特にこの特例が有利に働きます。

企業補助の課税・非課税判定と申告への影響

非課税となる医療費補助の要件

企業の医療費補助が給与課税されずに非課税となるには、一般的に次の要件を満たす必要があります。

慶弔見舞金規程など社内規程に基づいている
支給額が社会通念上相当な金額であること（高額すぎる場合は課税対象）
受給者を特定せず、一定の条件を満たす全従業員が対象である
現金ではなく現物支給の場合は、業務に直接関連すること

国税庁の通達では、入院見舞金として社会通念上相当と認められる金額については非課税として差し支えないとされています。

給与課税になった場合の注意点

企業補助が給与課税された場合（＝源泉徴収票の収入金額に含まれた場合）は、次の点に注意が必要です。

計算上は同じ： 給与課税であっても非課税であっても、医療費控除の計算では必ず差し引きます。

なぜか： 給与課税された補助金は「所得」として認識されており、その所得から医療費という費用を再度控除することになります。一方、非課税補助金は所得に含まれないため、純粋に「医療費の穴埋め」として差し引く対象です。どちらのルートでも、実際に支払った医療費を超える部分に控除効果が発生する仕組みです。

健康保険組合の「付加給付」との関係

大企業の健康保険組合では、高額療養費に上乗せして自己負担を一定額（例：月額25,000円）に抑える「付加給付制度」を設けているところがあります。これは企業の福利厚生ではなく健康保険組合の給付ですが、取り扱いは同じです。

付加給付で補填された金額は「保険金等で補填された金額」に含まれる
必ず差し引く必要がある
高額療養費と付加給付の両方を差し引いた後の医療費で計算する

健康保険組合から送付される「医療費のお知らせ」には付加給付の金額も記載されていることが多いので、必ず確認してください。

申請手順と必要書類

事前準備（12月〜翌年1月）

確定申告の前に次の情報を整理してください。

①　企業への確認事項

医療費補助・見舞金の支給金額（明細書・支給通知書を入手）
補助が給与課税扱いか非課税扱いか
補助の対象となった医療費の種類（入院のみ？通院含む？）

②　健康保険組合への確認事項

高額療養費の支給金額・支給日
付加給付の有無と金額
「医療費のお知らせ」の発行依頼（1月下旬〜2月上旬に送付される）

③　医療費領収書の整理

1年分（1月1日〜12月31日）の領収書を全員分まとめる
医療費集計フォーム（国税庁ホームページからダウンロード）に記入
補助金差し引き後の金額を各欄に入力

必要書類一覧

書類名	入手先	備考
確定申告書（第一表・第二表）	税務署・国税庁e-Tax
医療費控除の明細書	国税庁ホームページ	領収書は5年間自宅保管
医療費の領収書（全件）	各医療機関	明細書提出の場合は保管のみでOK
医療費のお知らせ	健康保険組合	明細書の代わりに使用可
源泉徴収票	勤務先	所得・税額確認に使用
企業補助の支給明細・通知書	勤務先・経理部門	補填額の証明として保管
マイナンバーカード or 通知カード	自身	本人確認書類

注意： 2017年分の確定申告以降、医療費の領収書を税務署に提出する必要はなくなりました。ただし、領収書は5年間自宅で保管する義務があり、税務署から求められた場合には提示しなければなりません。

確定申告書への記入手順

【ステップ1】医療費控除の明細書を作成する

国税庁の「医療費控除の明細書」（書式A）に次の順で記入します。

医療を受けた方の氏名・続柄
病院・薬局の名称
医療費の区分（医療費 / 介護保険サービス等）
支払った医療費の金額
保険金等で補填された金額（企業補助・高額療養費・付加給付など）

⑤の欄に企業補助金額を必ず記入することで、差し引き後の正確な控除額が自動的に計算されます。

【ステップ2】確定申告書第二表に転記する

明細書で計算した「差し引き後の医療費合計」を確定申告書第二表の「医療費控除」欄に転記します。

【ステップ3】確定申告書第一表で控除後の所得税を計算する

第二表で記入した控除額が第一表に反映され、課税所得が下がることで還付税額が確定します。

【ステップ4】e-Taxまたは郵送で申告する

e-Tax（オンライン申告）： マイナンバーカードとICカードリーダー（またはスマートフォン）があればPCから申告可能。還付金の振込が早い（約3週間が目安）
郵送・持参： 税務署へ申告書を郵送または持参。混雑期（2〜3月）は持参時に待ち時間が発生することがある

申告期間： 毎年2月16日〜3月15日（還付申告のみの場合は1月1日から申告可能）

申告後の流れ

税務署による審査（通常2〜3週間）
還付金の振込（指定口座に振込通知なしで入金されることが多い）
住民税の変更通知（翌年6月の住民税決定通知書に反映）

見落としやすい注意点とよくあるミス

補助金の対象期間と医療費の対象期間のズレ

医療費控除の対象期間は1月1日〜12月31日の暦年です。一方、企業の医療費補助は年度（4月〜翌3月）で管理されることがあります。

注意が必要なケース：
– 12月に受診し、翌1月に企業補助が支給された場合
– 3月末の年度末に補助申請し、4月以降に支給された場合

原則として、医療費控除は「医療費を支払った年」で計上します。補助金は「支給を受けた年」に差し引く、が基本的な考え方ですが、補助金の支給が翌年になった場合は、翌年の医療費からは引かず、補助対象となった年の医療費から差し引くのが正確な処理です。不明な場合は税務署または税理士に確認することを推奨します。

家族分の医療費への補助がある場合

生計を一にする家族（配偶者・子・親など）の医療費も合算して控除を受けられます。家族が勤務先から医療費補助を受けた場合も、その補助額は対象医療費から差し引く必要があります。

例：妻が勤務先から入院補助3万円を受け取った場合、夫の確定申告で妻分の医療費を合算する際に、この3万円を差し引いて計算します。

セルフメディケーション税制との選択制

医療費控除とセルフメディケーション税制（特定の市販薬の購入費を控除する制度）はどちらか一方しか選択できません。企業補助を受けつつ、OTC医薬品を多く購入している場合は、どちらが有利かシミュレーションしてから申告先を決めましょう。

セルフメディケーション税制の概要：
– 対象：特定成分を含むスイッチOTC医薬品の購入費
– 控除額：（年間購入額 − 12,000円）× 所得税率
– 上限：控除額88,000円（購入費が100,000円を超える部分は対象外）

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よくある質問（FAQ）

確定申告前に多く寄せられる疑問をまとめました。

Q1. 会社の医療費補助が非課税だった場合、申告書に記載する必要はありますか？

記載する必要はありませんが、医療費控除の明細書の「保険金等で補填された金額」欄には必ず記入してください。所得として申告する必要はなくても、控除計算では差し引かなければならないためです。

Q2. 医療費補助の金額を証明する書類が手元にない場合はどうすればよいですか？

会社の経理・総務部門に「医療費補助支給証明書」の発行を依頼してください。支給明細書や給与明細の付記欄に記載されている場合もあります。証明書の発行が難しい場合は、補助金の振込記録（通帳コピー）で代用できることもあります。

Q3. 補助金の対象となった医療費が控除対象外のものだった場合（例：健康診断）はどうなりますか？

健康診断費など医療費控除の対象外となる医療費への補助は、差し引き計算に影響しません。差し引くのは、控除対象となる医療費に対応する補助金だけです。

Q4. 夫婦それぞれが会社から医療費補助を受けている場合、どちらの確定申告で処理しますか？

医療費控除は所得が高い方がまとめて申告したほうが税率が高い分、還付額が大きくなります。夫婦それぞれの補助金は、それぞれが受け取った補助対象の医療費から差し引いたうえで合算し、申告する1人の「医療費控除の明細書」に全額記載します。

Q5. 高額療養費と企業補助が同じ医療費に対して両方支給された場合、両方を差し引く必要がありますか？

はい。両方を合計して差し引きます。例えば、入院費30万円に対して高額療養費8万円＋企業補助5万円が支給された場合、差し引き後の医療費は「30万円 − 8万円 − 5万円＝ 17万円」となります。

Q6. 企業補助を受けたことを申告し忘れた場合、ペナルティはありますか？

後から税務調査で発覚した場合、過少申告加算税（10〜15%）や延滞税が課される可能性があります。気づいた場合は速やかに修正申告を行ってください。修正申告は税務署から調査が入る前に自主的に行うことで、加算税が軽減される場合があります。

まとめ：正しく差し引いて最大の還付を受けよう

医療費控除と企業の医療費補助は、正しい手順を踏めば同時に受給できる正当な節税手段です。要点を整理します。

チェック項目	内容
✅ 補助額の確認	企業・健康保険組合から支給された金額を全て把握する
✅ 差し引き計算	医療費控除の明細書で「補填された金額」欄に正確に記入
✅ 対応関係の整理	補助金は、補助対象となった医療費からのみ差し引く
✅ 期間の確認	医療費は暦年（1〜12月）・補助金は支給年での処理が基本
✅ 書類の保管	領収書・補助金通知書は5年間保管
✅ e-Taxの活用	還付が早く書類提出も不要（明細書は保管）

申告に不安がある方は、税務署の無料相談窓口（確定申告期間中は毎日対応）や、税理士への相談を活用してください。正確な申告が、最大の還付につながります。

免責事項： 本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務アドバイスではありません。具体的な申告については、税務署または税理士にご確認ください。税制は毎年改正されることがあるため、申告時点の最新情報をご確認ください。